Pukovnik je u siječnju 2003. u Splitu u svom automobilu zatečen sa smotuljkom od 99 grama heroina i preciznom vagom, a kojega optužnica tereti da je tu drogu posjedovao radi daljnje preprodaje.
U njegovu je stanu još pronađen omot s manjom količinom marihuane te određena količina vapna.
Županijski sud u Splitu osudio je u svibnju 2003. godine Maglova na 10 mjeseci zatvora samo zbog posjedovanja droge za vlastite potrebe, premda je bio optužen i za preprodaju, s obrazloženjem kako nisu potvrđeni navodi optužnice da je Maglov drogu držao radi preprodaje. Vrhovni sud u studenom 2004. poništio je tu presudu i donio odluku da se suđenje ponovi u Šibeniku, uz obrazloženje da je neutemeljena obrana da je Maglov, kao ovisnik, heroin posjedovao isključivo za vlastite potrebe.
Na Županijskom sudu u Šibeniku pred sudskim vijećem kojim je predsjedao sudac Igor Ninić, danas su svjedočili policajci koji su sudjelovali u uhićenju Željka Maglova i pretrazi njegova stana, te sudski vještak - psihijatar. Pet saslušanih policajaca nije moglo precizno reći što je sve pronađeno u automobilu Željka Maglova ili su izričito kazali da u vozilu nije bilo plastičnih vrećica za prepakiravanje droge radi daljnje preprodaje, kako je to navedeno u optužnici.
Policajci su potvrdili da je u njegovu stanu pronađeno vapno, za koje je optužba tvrdila da je služilo za miješanje s drogom radi povećavanja količine prije preprodaje. Vrhovni sud je u svojoj odluci o poništenju presude suda u Splitu ocijenio dvojbenim iskaz vještaka toksikologa o tome da je vapno pomiješano s heroinom smrtonosno za konzumenta. Upitan o tome, sudski vještak-psihijatar danas nije mogao svjedočiti o posljedicama koje za ovisnike ima miješanje vapna s drogom, s obzirom da nije stručnjak za to područje. Vještak je ponovio da je u vrijeme počinjenja kaznenog djela Maglovljeva mogućnost shvaćanja i upravljanja postupcima bila smanjena i to zbog PTSP-a i ovisnosti.
Na traženje Željka Maglova koji je rekao da je lošeg zdravlja, sudac Igor Ninić danas je odgodio glavnu raspravu do 5. lipnja 2007., kada bi optuženi trebao iznijeti svoju obranu.
