Šišić, prvobitno osuđen na kaznu doživotnog zatvora koja je nakon žalbe pretvorena u kaznu od 15 godina zatvora, prebačen je u zatvor u Sremskoj Mitrovici.
Šišićev odvjetnik Milan Panjević izjavio je novinarima kako će svom branjeniku predložiti da pred srpskim pravosuđem, pred novosadskim sudom koji mu je potvrdio presudu, zatraži ublažavanje zatvorske kazne od 15 godina koju mu je izrekao Apelacijski sud u Rimu, o čemu bi trebao odlučiti Vrhovni sud Srbije.
Kao olakotnu okolnost odvjetnik Panjević navodi loše zdravstveno stanje osuđenog Šišića, kao i činjenicu da se on od 1. svibnja 2001. godine nalazi u pritvoru, godinu dana u Mađarskoj, a ostatak u Italiji, te činjenicu da je izdržao trećinu izrečene kazne.
U helikopteru EZ-a koji je srušio tadašnji pilot JNA Šišić poginulo je pet promatrača, četvorica Talijana i jedan Francuz.
