Ljubišić je od početka siječnja 1992. do kraja svibnja 1992. bio zapovjednik osiguranja Sabirnog centra ratnih zarobljenika logora u Bileći u kojem su mučeni hrvatski branitelji. Ljubišić je uhićen temeljem tjeralice 2000. kad je došao u Hrvatsku. Predsjednik je pomilovao i Sinišu Rimca, bivšeg pripadnika rezervnog sastava MUP-a kojem je za jednu godinu umanjio osmogodišnju kaznu na koju je osuđen zbog ubojstva u slučaju 'Pakračka poljana'.
Za godinu i šest mjeseci predsjednik je smanjio kaznu Zlatku Miliću koji je osuđen na 14 godina i tri mjeseca zbog ubojstva judo reprezentativca Nika Rustana, brata svoje bivše supruge. Milić je ubio Rustana 21. listopada 2001. Osim zbog ubojstva osuđen je zbog niza drugih kaznenih djela, poput protupravnog oduzimanja slobode, narušavanja nepovredivosti doma, prijetnje, uništenja tuđe stvari, teškog djela protiv opće sigurnosti. Osuđenicima su kazne smanjene predsjedničkim odlukom od 16. i 23. prosinca koje su objavljene u Narodnim novinama. Tim odlukama Mesić je ukupno pomilovao ukupno 15 osoba, dok je odbio molbe 128 osuđenika.
Među odbijenima je i molba Hrvoja Petrača, koji je od 2005. izdržava zatvorsku kaznu od sedam i pol godina zbog poticanja na otmicu malodobnog sina umirovljenog generala Vladimira Zagorca i novomarofskog poduzetnika Miroslava Matkuna. Molbe su odbijene i braći Veliboru i Rajku Momčiloviću, koji su na suđenju tzv. zločinačkoj organizaciji osuđeni na zatvorske kazne zbog preprodaje droge. Molba za pomilovanje odbijena je i nekadašnjem vlasniku Kamen Ingrada Vladi Zecu koji služi kaznu zatvora od 4,5 godina jer je malverzacijama svojoj tvrtki pribavio 34 milijuna kuna. (Hina)
Stočari su očajni
Sporna kava
suze radosnice
