U pismenoj izjavi dostavljenoj medijima Antunović je za svoje
smjenjivanje optužio predsjednika Upravnog vijeća HAH-a i državnog tajnika Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodnoga gospodarstva Dragana Kovačevića (ujedno i predsjednika osječkoga HDZ-a) koji je, kako tvrdi, iz Vijeća izbacio članove koji su ga (Antunovića) podržavali i "stvorio novo političko Upravno vijeće". Antunović tvrdi da je novo vijeće postavljeno bez javnog natječaja, na temelju
Kovačevićeva političkog imenovanja.
Antunović je o svemu izvijestio nadležna tijela Europske komisije u kojima je, kako tvrdi, Kovačević poznat kao nestručnjak zbog čijih je odluka poglavlje o sigurnosti hrane, fitosanitarnom nadzoru i veterinarstvu "zapelo u pregovorima s EU, s najviše odbijenica".
Na novinarski upit Antunović je u izjavi Hini rekao kako tijekom svog mandata nije bio član stranke HDSSB, niti politički aktivan, jer Europska komisija zahtijeva da ravnatelji nacionalnih agencija ne obnašaju istodobno niti jednu političku dužnost, ali "da to ne znači da sada neće postati".
Povod za svoju smjenu Antunović vidi u "želji Dragana Kovačevića da cijeli sustav ima u svojim rukama, kao i poslušnike, a ne stručnjake u Agenciji".
Glasnogovornik Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodnoga gospodarstva Mladen Pavić Hini je izjavio da je Hrvatski sabor u lipnju donio novi Zakon o hrani, usklađen sa zakonodavstvom EU, te da je taj novi Zakon predvidio novi natječaj za izbor ravnatelja Hrvatske agencije za hranu.
"Nakon što je natječaj proveden nitko od prijavljenih kandidata, među kojima je bio i Boris Antunović, nije udovoljavao kriterijima", istaknuo je Pavić.
Naglasio je da je uloga Hrvatske agencije za hranu
prije svega znanstvena, odnosno znanstveno praćenje procjene rizika sigurnosti hrane, a da u Antunovićevu mandatu iz te agencije nije izišao niti jedan znanstveni rad.
"Pa, ako ćemo govoriti o radu Hrvatske agencije za hranu u vrijeme dok joj je Antunović bio na čelu, možemo ju zvati turističkom agencijom, s obzirom na Antunovićeva inozemna i domaća putovanja", ocijenio je Pavić.
Izjavio je kako je "neumjesno i ispod svake ljudske razine
komentirati stručnost novog v.d ravnatelja, s obzirom na to da čovjek još nije ni počeo raditi".
Najavio je raspisivanje novog natječaja, a dotle će dužnost v.d. ravnatelja obnašati dr. Mate Bilić s Prehrambeno-tehnološkog fakulteta u Osijeku.
"Zaista želimo da na čelu Hrvatske agencije za hranu bude stručna osoba, a ne kao do sada politički postavljena", rekao je glasnogovornik Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodnoga gospodarstva Mladen Pavić.
