Iznad Benediktova groba, pokrivenog kamenom pločom s njegovim imenom, postavljen je bareljef u kamenu.
U kripti se nalaze grobnice brojnih papa.
Benedikt leži u grobnici svojega poljskog prethodnika, Ivana Pavla II., čiji su ostaci premješteni na kat bazilike nakon što je proglašen blaženim 2011.