Nakon diplome počeo je raditi u redakciji dnevnih novina Vijesnik. Od 1991. godine bio je urednik časopisa Globus.
Krajem 1995. godine Pukanić je s grupom novinara pokrenuo tjednik Nacional, u kojem je bio glavni urednik do 2000. godine. Nakon toga postaje predsjednik uprave NCL media grupe i jedan od njezinih vlasnika.
U Nacionalu je najprije bio glavni urednik, a zatim i direktor te suvlasnik.
2000. pokreće i dnevnik 'Republika' koji nakon pola godine prestaje izlaziti. Kao Pukanićevi financijeri u medijima su se spominjali bankar Neven Barač i Miroslav Kulte.
Nedavno je objavljeno da je prodao i Nacional, a cijelo vrijeme izdaje i visokotiražni lokalni tjednik 'Zagreb News'.
Najviše zapaženih novinarskih priča koje je Nacional otvorio baziralo se na navodnim povjerljivim obavještajnim podacima i tajnim državnim dokumentima.
>> Eksplodirala bomba u dvorištu Nacionala: Ubijen Ivo Pukanić
>> Svjetski mediji javljaju o ubojstvu novinara u Hrvatskoj
Ivo Pukanić ubijen je večeras u eksploziji bombe podmetnute pod njegov automobil marke Lexus. U automobilu je bio i njegov kolega Niko Franjić. Bio je oženjen i otac je 17-godišnje kćeri. Ivo Pukanić, jedno je od najeksponiranijih novinarskih imena u Hrvatskoj i dobitnik više nagrada Hrvatskog novinarskog društva iz kojega je izbačen ove godine, pod obrazloženjem da nije poštivao kodeks novinarske časti, nakon što su u Nacionalu objavljeni liječnički nalazi njegove supruge Mirjane.
Prije osam godina dobio je nagradu za novinara godine, a 2004. i nagradu za najbolji intervju s tada odbjeglim generalom Antom Gotovinom. Iz Hrvatskog novinarskog društva isključen je u ljeto 2008. zbog članka u kojem je objavio medicinsku dokumentaciju svoje supruge.
Nikada nije skrivao poznanstvo s Hrvojem Petračem i umirovljenim generalom Vladimirom Zagorcem nedavno izručenim zbog krađe dragulja namijenjenih naoružavanju Hrvatske.
U travnju ove godine policiji je prijavio da je na njega nedaleko stana u središtu Zagreba izvršen atentat. Prema njegovim izjavama napadač mu je prišao vrlo blizu, ali mu je pištolj zatajio, pa ga je Pukanić uspio svladati.
>> Pukanić: Bio je to pokušaj svirepog ubojstva, nisam inscenirao atentat
>> Nepoznati napadač pucao na Ivu Pukanića, ovaj uzvratio hicima u zrak
>> Mesić o atentatu na Pukanića: Ne treba ga podcjenjivati!
Iako policija nikada nije potvrdila njegovu verziju priče dodijeljena mu je policijska pratnja. U to je vrijeme Pukanić novinske stranice punio vlastitom obiteljskom dramom i razvodom od supruge koja ga je optužila da ju je godinama maltretirao i drogirao. Nekoliko je puta kao moguće naručitelje napada na sebe prozvao suprugine 'dilere droge'.
U nizu 'senzacionalnih' priča koje je Nacional objavio bio članak o nedavno ubijenoj Ivani Hodak, koju je označio kao krivca za propast milijunskog posla, u koji su navodno bili umiješani i Zagorec te njegov odvjetnik i Ivanin otac Zvonimir Hodak.
U posljednjem Nacionalu objavljena je priča koja se razlikovala od svih medijskih spekulacija o ubojstvu Ivane Hodak, u kojoj se tvrdi da je kćer odvjetnika i bivše potpredsjednice vlade ubijena nakon pljačke.