Mirko Šamija zaslužan je za značajne promjene i pomake u području onkološke edukacije, primarne prevencije i ranog otkrivanja raka, razvoj i uvođenje novih tehnika u radioterapijskoj onkologiji te povezivanje hrvatske sa svjetskom onkologijom.
Objavio je više od 300 stručno-znanstvenih radova, uredio 30 zbornika radova i 22 knjige, među kojima je i znanstveno djelo "Radioterapija" za koje je dobio nagradu J. J. Strossmayer za medicinsku znanost, a dvije od njih su prvi hrvatski udžbenici za poslijediplomsku i dodiplomsku nastavu iz kliničke onkologije. Pripremio je 30-ak međunarodnih, regionalnih i domaćih kongresa i simpozija te jednako toliko knjiga sažetaka.
Autor je i dokumentarno-edukativnog filma o borbi protiv pušenja "Rakova obratnica" u režiji Nikole Ivande. Bio je stručni i znanstveni mentor većini danas vodećih kliničkih onkologa. U Hrvatskoj je uveo 3D konformalnu radioterapiju, koja omogućava primjenu većih doza zračenja na tumor uz veću zaštitu zdravog tkiva.
Nakon što je 2000. osnovao Hrvatsko onkološko društvo Hrvatskog liječničkog zbora i bio osam godina njegovim predsjednikom, uz brojne stručno-znanstvene aktivnosti i osnivanje 20-ak sekcija unutar Društva, glavna mu je aktivnost bila izrada prijedloga prevencije i ranog otkrivanja raka u Hrvatskoj, koji je temelj Nacionalnih programa ranog otkrivanja raka dojke, debelog crijeva i vrata maternice. Uspostavio je odličnu suradnju s desetak onkoloških svjetskih centara, a posebno s Nacionalnim institutom za rak Sjedinjenih Američkih Država s kojim su započele pripreme za osnivanje Hrvatskog virtualnog instituta za rak. Osnovao je i Digitalnu onkološku akademiju.
Odlaskom u mirovinu prije šest godina osnovao je Zakladu onkologija i pokrenuo brojne aktivnosti, među kojima se posebno ističu tečajevi s temom "Onkološka edukacija liječnika i medicinskih sestara obiteljske medicine". U suradnji s Hrvatskim društvom za farmakoekonomiku i ekonomiku zdravstva prvi put u Hrvatskoj održao je četiri kampanje s temom "Bolesnik treba znati, htjeti, tražiti i sudjelovati", s ciljem proaktivnog uključivanja bolesnika, obitelji i udruga u njihovo liječenje.
Ističu se i dva znanstvena projekta: "Preventivna onkološka dijagnostika - PrOnDi" i "Proteomska analiza tkiva u bolesnika s karcinomom prostate", na kojima je radio u suradnji s tvrtkom Ericsson Nikola Tesla i Institutom Ruđer Bošković. Dobitnik je mnogih nagrada i priznanja, među kojima i nagrade Hrvatskog liječničkog zbora za razvoj znanstvene i medicinske misli i znanosti "Ladislav Rakovac" te priznanja začasnog člana HLZ. (Hina)
