Više od 390.000 ljudi u 29 pokrajina pogođeno je lošim vremenom, uključujući 81.443 stanovnika koji su bili prisiljeni ostati u centrima za evakuaciju, objavila je agencija.
Spasilačke ekipe još tragaju za 26 osoba, većinom ribara, koji se vode kao nestali, dodaje se.
Trinaest poginulih bilo je iz južne pokrajine Misamis Occidental, gdje su obilne kiše izazvale bujične poplave i klizišta.
Većina ostalih žrtava se utopila, a najmanje jedna žrtva doživjela je srčani udar nakon što je spašena.
Operacije potrage, spašavanja i pomoći pojačane su kako se vrijeme poboljšava, rekao je Raymundo Ferrer, izvršni direktor agencije za katastrofe.
"Nastavit ćemo osiguravati hranu, vodu i druge stvari kako bismo pomogli raseljenim obiteljima koje borave u centrima za evakuaciju i u drugim pogođenim područjima", rekao je Ferrer.
"To neće stati dok se situacija ne popravi i dok se ne budu mogli vratiti svojim domovima", dodao je.
Meteorološki zavod objavio je da pogođenim područjima prijete nove kiše.
"Vjerojatne su poplave i klizišta izazvana kišom, posebno u područjima koja su osjetljiva na ove opasnosti", upozorava se.