Ivan Markešić je rođen Proslapu kraj Prozora, 1954. Franjevačku klasičnu gimnaziju završio je u Visokome 1972, studij sociologije na Fakultetu političkih nauka 1978. i studij njemačkoga jezika na Filozofskome fakultetu u Sarajevu 1984. Doktorirao je na Filozofskome fakultetu u Zagrebu s temom Religija u teoriji sustava Niklasa Luhmanna, 1997. godine.
Radio je najprije kao prevoditelj za njemački jezik u UNIS-ovoj tvornici u Prozoru, potom na Institutu za društvena istraživanja u Sarajevu i zatim kao glavni tajnik HDZ BiH. Nakon prelaza u Zagreb radi kratko u Hrvatskom informacijskom centru, potom u Leksikografskome zavodu Miroslav Krleža, te do umirovljenja u Institutu društvenih znanosti Ivo Pilar u Zagrebu.
Markešić je usporedo predavao različite oblike sociologije na Hrvatskim studijima Sveučilišta u Zagrebu od 1997./98., te bio pročelnik Studija sociologije 2002.-2004. godine.
Predavao je i na Edukacijsko-rehabilitacijskom fakultetu u Zagrebu, na Fakultetu društvenih znanosti Sveučilišta Hercegovina u Bijakovićima kraj Međugorja i na drugim visokoškolskim ustanovama.
Najviše se bavio sociologijom religije te prevodio s njemačkoj jezika i na njemački jezik. Objavio je šest knjiga i više desetaka znanstvenih radova. Iz ino, bio je suradnik na nizu izdanja Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža
Uredio je prvi svezak Hrvatske enciklopedije Bosne i Hercegovine (Mostar 2009.), koja je započeta kao Hrvatski leksikon BiH. Premda je formalno bio zamjenik glavnog urednika, okupio je u Zagrebu suradnike nakon što je projekt bio zapao u krizu, i podigao ga na razinu enciklopedije.
Redovito je u medijima komentirao religijske odnose u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini i zagovarao međureligijski dijalog te ponekad oštro kritizirao negativne pojave u hijerarhijama vjerskih institucija.
Akademija nauka i umjetnosti BiH izabrala ga je 2018. godine za domaćeg člana. Markešić je bio i prvi glavni tajnik HDZ-a BiH 1991. kojeg je napustio već 1992. i prešao živjeti u Zagreb. Isticao je da mu zbog suprotstavljanja politici Herceg-Bosne zapaljena obiteljska kuća u Rami.