Jedna od najvećih zamjerki ove organizacije je da su vlasti propustile pokrenuti istrage protiv nekih visokih vojnih i političkih dužnosnika iako postoje javno dostupni sudski podatci koji bi ih mogli teretiti, a Amnesty International navodi i primjere o kojima se u Hrvatskoj nije povelo dovoljno računa.
>> Hrvatska i dalje u raljama korupcije
>> Amnesty kritizira Hrvatsku zbog kršenje prava Roma i Srba
Tako se spominje navodna umiješanost potpredsjednika Hrvatskog sabora Vladimira Šeksa u zločinima počinjenim 1991. u Osijeku i to u smislu zapovjedne odgovornosti. Za zločine počinjene u akciji Medački džep 1993. u kontekstu zapovjedne odgovornosti spominje se ime generala Davora Domazeta-Loše, a nekadašnjeg ratnog pomoćnika ministra unutarnjih poslova Tomislava Merčepa spominje se u kontekstu zapovjedne odgovornosti za više zločina koji se ne navode poimence.
Amnesty International iskazuje zabrinutost zbog 'nedostatka političke volje i hrvatskoga pravnog okvira za procesuiranje zločina' koji je 'neodgovarajući i nije u skladu s međunarodnim standardima'.
Programska direktorica AI-a za Europu i središnju Aziju Nicola Duckworth kazala je kako u Hrvatskoj i dalje postoje zapreke koje treba premostiti kako ratni zločini ne bi ostali nekažnjeni. Upozorila je da, iako je određen napredak postignut, hrvatske vlasti trebaju hitno identificirati te preostale zapreke jer je pitanje procesuiranja ratnih zločina jedno od mjerila za zatvarenje poglavlja o pravosuđu u hrvatskim pristupnim pregovorima s EU-om.
'Europska komisija, zadužena za praćenja napretka Hrvatske u pristupnim pregovorima s EU-om, dijeli zabrinutost u svezi s tim pitanjem', istaknula je Duckworth koja je dodala kako Hrvatska mora iskoristiti ovo izvješće kako bi popravila sliku o stanju ljudskih prava u zemlji.
U izvješću je iznesen i podatak da se 76 posto predmeta u procesuiranje ratnih zločina u Hrvatskoj od 2005. do 2009. odnosi na hrvatske Srbe, a činjenica kako se riješi prosječno 18 slučajeva ratnih zločina po godini za Amnesty International je spor jer je još uvijek neriješeno čak 700 predmeta.
