On je optuženo na Međunarodnome kaznenom sudu za bivšu Jugoslaviju (ICTY) za kaznena djela protiv čovječnosti i drugih dobara zaštićenih međunarodnim pravom.
U optužnici se navodi da su optuženi Župljaninu novčano pomagali, dostavljali mu odjeću i druge potrepštine, pomagali mu u pribavljanju lažnih dokumenata o identitetu, održavali s njim vezu, obavještavali ga o potrazi za njim, organizirali tajne sastanke i omogućavali mu komunikaciju.
>> Pokrenuta istraga protiv jataka haaškog optuženika Župljanina
Pošto je u siječnju 2008. pobjegao policiji u Nišu, Župljanin je pronašao utočište u Vojvodini. Ondje se skrivao u svojemu stanu do uhićenja u lipnju 2008. godine.
Stojan Župljanin i Mićo Stanišić optuženi su po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti za progone, ubojstva, mučenje i deportacije bosanskih muslimana i Hrvata u mnogim dijelovima BiH od travnja do prosinca 1992., kad su srpske snage provele glavninu etničkog čišćenja s područja današnje Republike Srpske.(Hina)
