Predsjednik, koji za dva dana odlazi s dužnosti, rekao je da se "osjeća dobro jer je pravda zadovoljena".
Manning je u kolovozu 2013. osuđena na 35 godina zatvora jer je predala WikiLeaksu 700.000 tajnih dokumenata.
U studenom 2016. ta je transrodna vojnikinja koja se prije zvala Bradley Manning molila Obamu da joj smanji kaznu prije nego napusti Bijelu kuću.
U zatvoru je trebala ostati do 2045., ali će odlukom predsjednika Obame biti puštena na slobodu 17. svibnja.
Taj su potez napali republikanci rekavši da je Obama poslao "krivu poruku", a predsjednik Kongresa Paul Ryan nazvao ga je "opasnim presedanom".
Obama je istaknuo da je Manning odslužila tešku zatvorsku kaznu. "Ne mislim da će bilo tko iz primjera Chelsea Manning pomisliti da odavanje vitalnih, tajnih podataka može proći nekažnjeno", istaknuo je.
Ocijenio je također da je 35 godina zatvora disproporcionalno u odnosu na kazne koje su dobile druge "krtice".
Obama je na konferenciji za novinare dva dana prije inauguracije novog predsjednika Donalda Trumpa govorio i o odnosima s Rusijom.
Naglasio je da je konstruktivni dijalog u interesu obiju zemalja, "no to otežava povratak Rusije duhu suparništva pod predsjednikom Vladimirom Putinom".
Dodao je da ga duboko brine izraelsko-palestinski sukob i upozorio novog predsjednika Donalda Trumpa na potencijalno eksplozivu situaciju.
"Zabrinut sam jer je status quo neodrživ, opasan je za Izrael, loš za Palestince, loš za regiju i za sigurnost Sjedinjenih Država", izjavio je Obama.
Kazao je da ga brine održivost rješenja dviju država zbog nastavka gradnje izraelskih naselja na Zapadnoj obali. "Važno je da pošaljemo signal, poziv na buđenje da bi ova šansa mogla propassti", istaknuo je.
Svog je nasljednika upozorio da ne pozeže za "naglim jednostranim potezima u eksplopzivnom okruženju".
Obama je rekao da bi se i nakon odlaska s dužnosti mogao baviti tema poput diskriminacije, imigracije i slobode tiska. " Postoji razlika između normalnog funckioniranja politike i nekih problema ili pitanja koji bi mogli dovesti u pitanje naše temeljene vrijednosti".
"U tu kategoriju stavljam sustavnu diskriminaciju, sprečavanje glasanja i kršenje ljudskih prava, institucionalno ušutkavanje oporbenog tiska i tjeranje djece koja su ovdje odrasla", rekao je Obama.