Franjo je bolovao od kronične plućne bolesti te mu je kao mladiću odstranjen dio jednog plućnog krila.
Zdravstveni problemi mučili su ga tijekom posljednjih godina života te je 14. veljače primljen u bolnicu Gemelli zbog respiratorne krize koja se razvila u dvostruku upalu pluća.
To je dovelo do 38-dnevnog boravka u bolnici, najduljeg za vrijeme njegova papinstva.
Međutim, pojavio se na Uskrsnu nedjelju, dan prije svoje smrti, kako bi blagoslovio tisuće na Trgu svetog Petra.