Drnovšek se rodio 17. svibnja 1950. u Celju. Nakon sticanja diplome na ljubljanskom Ekonomskom fakultetu 1973. zaposlio se u lokalnoj građevinskoj tvrtki u mjestu Zagorju, a početkom 1980-ih preuzima mjesto direktora lokalne podružnice Ljubljanske banke u Trbovljama. Osamdesetih godina bio je godinu dana ekonomski savjetnik u jugoslavenskom veleposlanstvu u Kairu.
Doktorirao je 1986. na Ekonomsko-poslovnom fakultetu u Mariboru s temom "MMF i Jugoslavija". Iste godine postaje slovenski delegat u Vijeću republika i pokrajina Skupštine SFRJ, a 1989. godine izabran za slovenskog člana Predsjedništva SFRJ, naslijedivši ranijeg člana Stanu Dolanca.
Na to ga je mjesto - u vrijeme "slovenskog proljeća" i previranja u partijskim strukturama - predložila omladinska organizacija SKS, a na iznenađenje javnosti Drnovšekova je kandidatura bila uspješna. Kasnije je izjavljivao da se u visokoj politici osjećao "kao da je lansiran na Mars", ali se u njoj, kako se pokazalo, vrlo dobro snašao.
U vrijeme njegova dolaska u jugoslavensko Predsjedništvo u tijeku je jugoslavenska kriza koja će uskoro dostići svoj vrhunac, a na tom mjestu zatekao ga je i raspad bivše Jugoslavije. Tijekom burnih godina krize protivio se Miloševićevoj opciji i velikosrpskim tendencijama pretvaranja Jugoslavije u unitarnu državu i uvođenju načela jedan čovjek-jedan glas, što isključuje nacionalnu ravnopravnost.
U svojim kasnijim člancima i publicističkim radovima, objavljivanim u međunarodnom tisku, Drnovšek je tumačio da je već tada upozoravao srpskog "vožda" kako je ohrabrivanjem nacionalizma kod najbrojnijeg naroda tadašnje države "uzjahao tigra" s kojega će teško sjahati i koji će ga na kraju "pojesti".
Nakon "desetodnevnog rata" bivše JNA sa slovenskom teritorijalnom obranom Drnovšek je bio jedan od sudionika dogovora europske trojke s predstavnicima Jugoslavije, Hrvatske i Slovenije o suspenziji implementacije odluka o osamostaljenju na rok od tri mjeseca. Tih je mjeseci bojkotirao sastanke jugoslavenskog Predsjedništva jer ga je tadašnja slovenska vlada premijera Lojzea Peterlea držala samo za zastupnika slovenskih interesa u Beogradu.
U Predsjedništvo se vratio na sastanak na kojemu je donesena odluka o povlačenju pripadnika JNA iz Slovenije, a smatra se i najzaslužnijim za dogovor da prilikom povlačenja jugoslavenskih postrojbi iz Slovenije ne bude incidenata.
Godine 1992. izabran je za predsjednika oporbene stranke Liberalnih demokrata (LDS). Nakon što je premijer Demosove vlade, koja je provela osamostaljenje države, Peterle, prilikom glasovanja u proljeće te godine, izgubio većinu u parlamentu, Drnovšek je izabran za predsjednika prijelazne vlade do izbora na jesen iste godine. Na njima je s LDS-om uvjerljivo dobio relativnu parlamentarnu većinu i formirao mješovitu koalicijsku vladu, u kojoj su druga najveća stranka bili Peterleovi kršćanski demokrati.
U vrijeme jake dominacije stranaka lijevog centra, Drnovšek je sa svojom strankom pobjeđivao i na parlamentarnim izborima 1996. i 2000., a premijerski položaj izgubio je samo na nekoliko mjeseci 2000., kad je zbog gubitka većine u parlamentu, do izbora na kojima su stranke lijevog centra opet pobijedile, privremenu vladu vodio sadašnji ministar financija u Janšinoj vladi Andrej Bajuk.
Unatoč posebnostima karakterističnim za njegovu ličnost, s kojima se svi nisu mogli složiti, Drnovšek bez sumnje ima, uz Milana Kučana, reputaciju najuspješnijeg slovenskog političara zadnja dva desetljeća. I sam je sebe smatrao arhitektom uspješne političke, a osobito gospodarske tranzicije, i kasnije odbijao kritike da je zaslužan i za ekscese, nepravilnosti u privatizaciji te siromašenje nekih društvenih slojeva.
S mjesta predsjednika vlade povukao se 2002. na sredini mandata, kad se kandidirao za mjesto predsjednika države i bio izabran u drugom krugu, naslijedivši na tom mjestu Milana Kučana.
Nakon dolaska na vlast sadašnje vlade desnog centra premijera Janeza Janše prvih je godina njegova kohabitacija s novom vladom tekla bez problema, no u zadnje dvije godine Drnovšekova mandata odnosi su se zaoštrili. Uzrok je bio u njegovoj kritici Janše zbog navodne stranačke isključivosti pri izboru na najvažnije državne položaje.
To je osobito izraženo bilo početkom 2007. kad je Janšina većina u parlamentu odbila obnoviti petogodišnji mandat guverneru središnje banke Mitji Gaspariju. Janšin krug uzvratio je na kritike smanjivanjem predsjednikova proračuna zbog navodne rastrošnosti pri putovanjima na razna "egzotična" politička odredišta, poput mirovnog kongresa u Indiji i inauguracije bolivijskog predsjednika Moralesa. Vlada je zadnjih godina Drnovšekova mandata oštro kritizirala i njegove "solističke" akcije u vanjskoj politici, uz ostalo i izjave vezane s odnosima Slovenije i Hrvatske.
Zbog sukoba s premijerom Janšom, ali i napredovanja bolesti u proljeće 2007. definitivno je objavio da neće konkurirati za drugi predsjednički mandat.
Za svoje pobornike i stranke ljevice Drnovšek je u odnosima s Hrvatskom bio na glasu i kao majstor na političkoj šahovnici zbog postizanja tzv. parafiranog sporazuma o granici s tadašnjim hrvatskim premijerom Ivicom Račanom, koji kasnije nije realiziran jer nije naišao na podršku Hrvatskog sabora.
Zahvaljujući vezama u inozemstvu koje je stvorio još kao član jugoslavenskog predsjedništva i kasnije, te znanju više svjetskih jezika i velikom umijeću komunikacije, imao je ugled dobrog zastupnika slovenskih nacionalnih interesa u Europi i svijetu. Najviše zasluga pripisuju mu za ulazak Slovenije u EU i NATO savez. Imao je ugled izrazitog političara-pragmatičara i uspješnog pregovarača, u odnosima s drugim zemljama, kao i na unutarnjem planu pri sklapanju različitih koalicijskih vlada koje je vodio.
Drnovšeku je 1999. prilikom rutinske pretrage otkriven rak na bubregu koji mu je odstranjen hitnim operativnim zahvatom. Nekoliko godina kasnije bolest se vratila u obliku metastaza, no jedno je vrijeme izbjegavao liječnike i pribjegavao alternativnim metodama liječenja, o čemu je u više navrata i sam govorio.
Zadnjih se godina, pod utjecajem bolesti i promjene životnog stila, okrenuo pisanju ezoteričnih knjiga koje su doživjele popriličan uspjeh, a osnovao je i Pokret za pravdu i razvitak, udrugu preko koje se borio za svoja politička i duhovna shvaćanja, zagovarao vegetarijanstvo i propagirao ekološke ideje, upozoravajući da čovječanstvo ide prema samouništenju ako ne prestane zbog profita i političkih interesa uništavati planet i prirodna bogatstva. Na internet stranicama Pokreta povremeno je objavljivao zanimljive kolumne, potpisujući se kao "Janez D.".
Zadnji put u javnosti se pojavio, vidno iscrpljen, na inauguraciji sadašnjeg predsjednika Danila Tuerka, prije malo manje od dva mjeseca.