U procesu koji je počeo u prosincu 2003. godine protiv 13 optuženih pripadnika postrojbe za specijalne operacije MUP-a Srbije, predvođenih Miloradom Ulemekom Legijom, i članova kriminalnog "zemunskog klana", oni su zanijekali da su, kao što im optužnica stavlja na teret, 12. ožujka 2003. godine ubili premijera.
Tijekom suđenja ispitano je oko 150 svjedoka i sudskih vještaka, među ostalim i vještaci Saveznog instituta za kriminalistiku iz
Wiesbadena iz Njemačke, koji su potvrdili navode optužnice posebnog tužiteljstva za borbu protiv organiziranog kriminala.
Zastupnici oštećene obitelji Đinđić na kraju su suđenja naglasili da, bez obzira na to što misle da je optužnica protiv 13 optuženih -od kojih su petorica još u bijegu - dokazana, pozadina atentata na premijera Đinđića, njegovi nalogodavci i inspiratori još nisu otkriveni.
Stoga oni očekuju novi proces protiv nekih novih optuženih koji bi razotkrio i političku pozadinu ubojstva premijera.