'Mislim da takva politička ideja vodi novim konfliktnim situacijama. Možda je za to najbolji primjer Mostar. Recimo da pripadne federalnoj jedinici s hrvatskom većinom. Jeste li sigurni da će to prihvatiti Bošnjaci i preostali Srbi?', rekao je Komšić u intervjuu. Dodao je kako se na ovome pitanju 'najbolje pokazuje apsurdnost i opasnost crtanja novih granica'.
Komentirajući dogovor o preustroju BiH u četiri federalne jedinice umjesto sadašnja dva entiteta, koji su postigli predsjednici HDZ-a BiH Dragan Čović, SDA Sulejman Tihić i SNSD-a Milorad Dodik, Komšić, koji je član SDP-a BiH, izrazio je da vjeruje kako će ostati 'mrtvo slovo na papiru'. Dodao je kako u ovaj sporazum ne vjeruju niti međunarodni diplomati, no da to ne žele javno govoriti.