Pet pripadnika vojnog osoblja još uvijek se smatra nestalima, dodalo je ministarstvo.
Teretni zrakoplov Lockheed C-130 prevozio je trupe koje su trebale sudjelovati u operacijama protiv pobunjenika na jugu Filipina. Ukupno ih je u avionu bilo 96.
Pedesetak ljudi je prebačeno u bolnicu, navodi se u priopćenju vojske.
"Dvoje civila koji su se našli na zemlji također su poginuli, a četvero ih je ozlijeđeno", rekao je glasnogovornik ministarstva obrane.
Slike s mjesta nesreće prikazuju plamen i gusti crni dim koji se diže iz dijelova zrakoplova.
Avion je pokušao sletjeti u zračnu luku Jolo, ali je preletio pistu nakon čega se nije uspio ponovno podići te se srušio.
"Viđeni su brojni vojnici kako iskaču iz zrakoplova prije nego što je udario u tlo", navodi se u priopćenju Zajedničke operativne skupine Sulu.
Vojska u rasprostranjenom filipinskom arhipelagu vodi dugi rat protiv islamističkih militanata Abu Sayyafa i drugih frakcija.
Glasnogovornik vojske, pukovnik Edgard Arevalo, rekao je da "nema znakova napada na zrakoplov", ali da "istraga nesreće tek treba započeti" te da su "napori sada usmjereni na spašavanje i liječenje putnika".
Najgora zrakoplovna nesreća u zemlji bila je ona aviona Air Philippines Boeing 737 2000. godine, u kojem je smrtno stradala 131 osoba.