Predsjednik je poručio kako je čin pomilovanja za njega predstavljao "veliku čast".
Flynn je jedan od bivših pomoćnika Trumpa koji je osuđen tijekom istrage o navodnoj umiješanosti Rusiji u američke izbore.
2017. godine je priznao kako je lagao FBI-ju o kontaktima s ruskim poslanikom, a potom pokušao povući priznanje, piše BBC News.
"Velika mi je čast objaviti kako je general Michael T.Flynn pomilovan. Čestitam njemu i njegovoj predivnoj onbitelji. Znam da ćete sada imati fantastičan Dan zahvalnosti", napisao je Trump na Twitteru.
Pogledaj na Twitteru
Flynnovi tajni pregovori s ruskim veleposlanikom u Washingtonu u prosincu 2016., prije Trumpove inauguracije, bili su osnova za temeljitu istragu specijalnog savjetnika Roberta Muellera u miješanje Moskve u američke izbore godinu dana ranije.
Trump je dao otkaz Flynnu samo 22 dana nakon što je došao na vlast.
No predsjednik je oduvijek tvrdio da je istraga bila politički "lov na vještice" i da je Flynn, bivši general i šef Obrambene obavještajne agencije, "dobar čovjek".
U vrlo neobičnom potezu, ministarstvo pravosuđa odustalo je od predmeta protiv Flynna u svibnju ove godine, rekavši da navodne laži FBI-ju nisu bile značajne, što je Trumpu donijelo veliku političku pobjedu.
No savezni sudac naredio je daljnje pravno razmatranje problematike. Trumpovo pomilovanje znači da se taj slučaj miče sa sudova.