Ta stranka je pred prve demokratske izbore sklopila koaliciju s druge dvije nacionalne stranke - muslimanskom (bošnjačkom) Strankom demokratske akcije te hrvatskom HDZ BiH. Ta je koalicija prethodno porazila dotada vladajuće komuniste i preuzela vlast.
Koalicija je, međutim, vrlo brzo bila paralizirana procesom raspada SFRJ, kao i različitim pogledima na sudbinu i ustrojstvo Bosne i Hercegovine u slučaju nestanka Jugoslavije. Karadžić i SDS su se zalagali da BiH ostane u krnjoj Jugoslaviji, a u slučaju proglašenja nezavisnosti BiH prijetili otcjepljenjem krajeva sa srpskom većinom, slično kao što su to hrvatski Srbi učinili na području Krajine u Hrvatskoj, priključenjem tih područja Srbiji i Crnoj Gori, čime bi se formirala "Velika Srbija".
Karadžić je bio jedan od utemeljitelja zasebne skupštine srpskog naroda u Bosni i Hercegovini 24. listopada 1991, koja je tvrdila da predstavlja srpski narod u BiH. Istovremeno je u okviru BiH osnovano nekoliko "srpskih autonomnih oblasti" (SAO), a u studenom 1991. organiziran je i referendum, na kome su se bosanski Srbi velikom većinom glasova izjasnili za "ostanak u zajedničkoj državi sa Srbijom i Crnom Gorom". Skupština bosanskih Srba pod kontrolom SDS-a je 9. siječnja 1992. godine proglasila "Republiku srpskog naroda Bosne i Hercegovine", a 28. veljače iste godine donijet je i ustav te republike, kojim je proglašeno da njezin teritorij obuhvaća srpske autonomne pokrajine, općine i druge srpske etničke entitete u Bosni i Hercegovini, te da ona ostaje dijelom jugoslavenske federacije.
Vlasti BiH organizirale su 29. veljače i 1. ožujka 1992. godine referendum o neovisnosti Bosne i Hercegovine, dakle o njenom izdvajanju iz SFRJ. Velika većina bosanskih Srba bojkotirala je ovaj referendum, dok su Bošnjaci i Hrvati na njega izašli. Od ukupno upisanih glasača na referendum je izašlo 64%, od kojih se za neovisnost BiH izjasnilo 98%. Ujedinjeni narodi su 6. travnja 1992. priznali neovisnost Bosne i Hercegovine i primili je u svoje članstvo. Karadžić je postao prvim predsjednikom bosanskih Srba, čija se uprava nalazila na Palama, i to 13. svibnja 1992. godine ili otprilike toga dana. Nakon stupanja na taj položaj njegova teorijska ovlaštenja obuhvaćala su i zapovjedništvo nad vojskom bosanskih Srba te pravo da postavlja, unaprijeđuje i smjenjuje časnike vojske bosanskih Srba.
Ratni zločini
Kao najistaknutijeg člana bosanskosrpskog političkog rukovodstva Karadžića se smatralo najodgovornijim kako za izbijanje rata, tako i za brojne zločine koji su u to doba na područjua BiH pod bosanskosrpskom kontrolom počinjeni nad Bošnjacima i Hrvatima. Isto tako ga se zbog nepopustljivosti smatralo najvećom preprekom mirovnom sporazumu koji je konačno postignut tek u Daytonu 1995. godine. Godinu dana ranije je između Karadžića i srbijanskog predsjednika Slobodana Miloševića došlo do sukoba zbog odbijanja Republike Srpske da prihvati Vanceov mirovni plan.
Godine 1995. je nakon genocida u Srebrenici Haaški sud podigao optužnicu protiv Karadžića za ratne zločine. Zbog toga je Karadžić bio izostavljen iz pregovora koji su doveli do Daytonskog mirovnog sporazuma, a kasnije se bio prisiljen odreći mjesta predsjednika Republike Srpske i stranačkih dužnosti.
Zbog vlastitog postupanja i postupanja njemu podređenih, uključujući vojsku bosanskih Srba, prema pripadnicima bošnjačkog i hrvatskog naroda u BiH od 1992. do 1995. godine, Radovan Karadžić je optužen na osnovu individualne kaznene odgovornosti (članak 7.1. Statuta Haškog tribunala) i kaznene odgovornosti nadređenog (tzv. "zapovjedna odgovornost", članak 7.3. Statuta) za: genocid, sudjelovanje u genocidu, istrjebljenje, ubojstvo, hotimično lišavanje života, progone, deportaciju, nečovječna djela, protupravno teroriziranje civila i uzimanje talaca.
U njegovu obranu njegove pristalice navode da Karadžić nije ništa više kriv nego bilo koji drugi ratni političar. Njegova navodna vještina u izbjegavanju uhićenja od 1995. godine učinila ga je svojevrsnim lokalnim "herojem" među određenim brojem Srba u BiH i u Srbiji.
Poratne godine
Karadžić se do 1997. godine nalazi na Palama, ali se povlači iz političkog života, sudjeluje u javnom životu, pojavljuje se na proslavama, kulturnim manifestacijama i slično, te ostaje vođom u sjenci kako SDS-a tako i cijele Republike Srpske. Tijekom 1998. i 1999. godine nestaje i sve potrage za njim pokazuju se bezuspješnim.
U ožujku 2003. godina njegova ga je majka javno pozvala da se preda Haškom tribunalu.
U studenom 2004. godine britanski vojni dužnosnici ocijenili su da bi pokušaj uhićenja uporabom vojnih trupa bio neuspješan, a da bi pritisak na vlasti BiH i Srbije prije urodio plodom.
Vlada Republike Srpske pozvala je 2005. godine Karadžića da se preda Haškom tribunalu, navodeći da Bosna i Hercegovina i Srbija ne mogu napredovati gospodarski i politički sve dok je on na slobodi. Trupe NATO uhitile su Karadžićevog sina Aleksandra Sašu Karadžića 7. srpnja 2005. godine, ali su ga dva dana kasnije pustile na slobodu. Karadžićeva supruga, Ljiljana Zelen Karadžić, javno je 28. srpnja 2005. pozvala Karadžića da se preda Haškom tribunalu.