Danas zatvorenici borave u ćelijama s uvijek upaljenom električnom rasvjetom, a na otvorenom borave dva sata dnevno. Najopasniji nose narančastu odoru, većina je u boji bijele kave, a najkooperativniji su odjeveni u bijelo. Šezdesetak zatvorenika bilo je oslobođeno optužbe da su 'neprijateljski borci', no ostali su u zatvoru jer su ih njihove domovine odbijale primiti ili onamo nisu izručeni jer bi bili progonjeni i mučeni.
Takvi zatvorenici borave u zasebnoj zgradi sa spavaonicama i zajedničkom blagovaonicom. Zatvor u Guantanamu 'proslavio' se i po ispitivanjima pod pritiskom. Neki su se zatvorenici žalili da su bili izloženi metodama koje se smatraju mučenjem: lišavani su sna, izlagani ekstremnim temperaturama ili preglasnoj glazbi, prisiljavani satima stajati u neugodnom položaju. Ostale metode zlostavljanja uključuju i sprječavanje da obave molitvu, stalno pretraživanje intimnih dijelova tijela, vrijeđanje.
Logor smješten u pomorskoj bazi koju je SAD unajmio od Kube početkom 20. stoljeća, nevidljiv je iz ostalih nastanjenih dijelova Guantanama. U zatvoru radi oko 750 vojnika smještenih u bazi, te više od 2.500 stranaca, većinom Filipinaca i Jamajkanaca. U sedam godina otkako postoji zatvor, za ratni zločin bilo je optuženo 20-ak zatvorenika, a sudilo se samo trojici. Jedan od njih još je u Guantanamu.
Potkraj mandata, George W. Bush je nekoliko puta rekao kako je njegov "cilj" zatvoriti logor, a njegov ministar obrane Robert Gates naredio je sredinom prosinca vojsci da mu iznese mogućnosti za takvu odluku. Sada će tu odluku provoditi novi stanar Bijele kuće Barack Obama, koji je u utorak na 120 dana suspendirao progone.