Prema Silajdžićevim riječima, ovo uhićenje će se pozitivno odraziti na BiH jer će doprinijeti zadovoljenju pravde. "No, pravda neće biti kompletna dok se ne izbriše djelo Slobodana Miloševića i Radovana Karadžića kojim je etnički očišćen veliki dio BiH", rekao je Silajdžić.
Predsjednik Stranke demokratske akcije (SDA) Sulejman Tihić je izjavio kako će nakon Karadžićevog uhićenja biti nužno "preispitati postojanje djela Radovana Karadžića - Republike Srpske". Istaknuo je kako je Karadžićevo uhićenje dobra vijest za cjelokupno stanje u BiH.
Izvršni tajnik saveza nezavisnih socijaldemokrata (SNDS) Rajko Vasić pozdravio je Karadžićevo uhićenje.
"Uhićenje Radovana Karadžića je dobar znak za cjelokupnu regiju, jer je to pitanje postalo teret i republici Srpskoj, ali i cjelokupnom srpskom narodu", rekao je Vasić iz SNSD-a, stranke čiji je lider aktualni premijer Republike Srpske Milorad Dodik.
Vijest o uhićenju Radovana Karadžića u noći na utorak mobiliziralo je elektroničke medije u BiH koji su odmah emitirali posebne emisije posvećene ovom uhićenju, u kojima se posebice naglašava da je Karadžić bio predsjednik Republike Srpske u vrijeme kada su srpske snage počinile genocid nad Bošnjacima u Srebrenici
Televizija Federacije BiH je objavila snimke sa sarajevskih ulica na kojima se vide kolone vozila kako sa sirenama slave Karadžićevo uhićenje.