Optužnica za organizirani kriminal te zloporabu službenog položaja i ovlasti kao i utaju poreza protiv Čovića i braće Jerka, Slavka, Mladena i Joze Ivankovića-Lijanovića prvobitno je podignuta još prije četiri godine a tada je obuhvaćala i kazneno djelo davanja mita za što su dodatno bili optuženi predsjednik Ustavnog suda BiH Mato Tadić i profesor Pravnog fakulteta u Sarajevu Zdravko Lučić.
Prvostupanjskom presudom Čović je 2006. godine osuđen na pet godina zatvora a braća Ivanković-Lijanović kao i Tadić i Lučić oslobođeni su svih optužbi.
Prizivno vijeće tu je presudu ukinulo zbog bitnih povreda kaznenog postupka te naredilo ponovno suđenje za Čovića i Lijanoviće, a potvrdilo oslobađajuću presudu za Tadića i Lučića.
Međunarodni tužitelj Peter Cormack u utorak je na otvaranju glavne rasprave pročitao izmijenjenu optužnicu no istaknuo je da je ona zapravo vrlo slična onoj prvobitnoj.
Cormack je čitajući optužnicu ponovio tvrdnje da su Čović i braća Ivanković-Lijanović djelujući kao organizirana skupina ishodili protuzakonito tumačenje Zakona o carinskoj politici BiH po kojemu su mesne sirovine uvezene za potrebe prerade u tvrtki "Lijanovići" bile oslobođene plaćanja posebnih carinskih pristojbi.
Čovića se tereti da je u svojstvu federalnog ministra financija
uputio nalog Carinskoj upravi Federacije BiH odnosno dao mišljenje o oslobađanju "Lijanovića" plaćanja prelevmana iako je za takvo što bilo ovlašteno isključivo Ministarstvo vanjske trgovine BiH.
Braći Ivanković-Lijanović na teret se stavlja da su temeljem Čovićevih naputaka u razdoblju od 2000. do 2002. godine izbjegli plaćanje carinskih i poreznih pristojbi u iznosu od gotovo dvadeset milijuna eura te da su počinili niz drugih kaznenih djela za koje je predviđena zatvorska kazna od najmanje tri godine.
Čovićev odvjetnik Zdravko Raić kazao je novinarima da je uvjeren da će i ovo suđenje završiti povoljno po njegova branjenika.
Pred vijećem Suda BiH kojim predsjedava Davorin Jukić ipak je izrazio nezadovoljstvo činjenicom da taj postupak traje godinama.
Ustvrdio je da je time dovedeno u pitanje Čovićevo pravo na pravedno suđenje bez odgode.
Sudac Jukić naznačio je da će se u ponovljenom postupku pokušati izbjeći nepotrebno odugovlačenje.
Kazao je da će sudsko vijeće preslušati već dane iskaze pet svjedoka i jednog sudskog vještaka te samo u slučaju stvarne potrebe zatražiti njihovo ponovno ispitivanje.
Prema sadašnjem planu suđenja, glavna rasprava trebala bi biti dovršena u prvoj polovici veljače 2008. godine.
Prizivno vijeće odredilo je da za sada ostanu na snazi mjere zabrane Čoviću da napušta BiH.