Rupel je na konferenciji za novinare u Bruxellesu na kojoj je predstavio prioritete predstojećeg slovenskog predsjedništva, na izravno pitanje novinara je li za potpisivanje SSP-a sa Srbijom i bez izručenja Ratka Mladića Haškom sudu, odgovorio usporedbom sa slučajem hrvatskog generala Ante Gotovine, kazavši da je Hrvatska četiri godine prije nego što je Gotovina izručen imala potpisan SSP.
"Trebalo bi jednako tretirati Hrvatsku i Srbiju", rekao je Rupel, dodajući da tu nije riječ o nekoj posebnoj tolerantnosti prema Srbiji, nego da su tu radi o regionalnoj stabilnosti.
Međutim, Hrvatska je parafirala SSP s EU-om u svibnju 2001. godine, a optužnica protiv Gotovine objavljena je tek u srpnju te godine. SSP je potpisan krajem listopada 2001. godine nakon vrlo pozitivnog izvješća tužiteljice Carle del Ponte.
Rupel je istaknuo da će Kosovo i zapadni Balkan biti najveći izazov za slovensko predsjedništvo koje počinje 1. siječnja 2008. godine.
Istaknuo je da treba odvajati rješavanje statusa Kosova od
približavanja Srbije Europskoj uniji. Zauzeo se za to da Srbija što prije potpiše SSP, a nakon toga da dobije kandidatski status.
"Tijekom slovenskog predsjedništva željeli bismo da sve zemlje zapadnog Balkana imaju potpisane Sporazume o stabilizaciji i pridruživanju", rekao je Rupel.
Slovensko predsjedništvo ističe da će se pristupni pregovori s Hrvatskom i Turskom odvijati u skladu s njihovim ispunjavanjem potrebnih kriterija.