Sporne su točke do samog dramatičnog kraja pregovora bile specifične smjernice za razvijene zemlje kako bi do 2008. smanjile emisiju stakleničkih plinova, te sukob između zemalja u razvoju i industrijskih zemalja o formulaciji obveza siromašnijih država u budućem sporazumu o klimatskim promjenama. Nakon kompromisnog prijedloga prvo se Europska Unija, a potom su se i Sjedinjene Države suglasile s kompromisom.
Predsjedavajući konferencije, Rachmat Witoelar, objavio je odluku nakon emocionalne rasprave u kojoj su SAD do samog kraja odbijale prihvatiti kompromis. Nakon oštrih kritika, pa čak i glasnih povika na njihov račun, izaslanstvo Sjedinjenih Država naposljetku je ipak prihvatilo dogovor. Izaslanici iz 190 država svijeta dva su tjedna pregovarali kako bi se usuglasili o 'post-Kyotovskom dogovoru'.
Dogovor predviđa da se na temelju smjernica iz Balija pregovorima tijekom sljedeće dvije godine postigne globalni sporazum za razdoblje nakon 2012. godine kad istječe protokol iz Kyota. Taj globalni sporazum trebao bi se potpisati 2009. u Kopenhagenu. Detalji će se do tada razrađivati u brojnim radnim skupinama koje će godišnje više puta zasjedati.
U dogovoru iz Balija više nema konkretnih brojčanih podataka o
smanjenju emisija stakleničkih plinova kako je to tražila EU, a čemu su se oštro protivile Sjedinjene Države. Europa je tražila smanjenje emisije stakleničkih plinova od 25 do 40 posto ispod razine od 1990.
U završnom dokumentu konferencije koji je izrađen tijekom noći nalaze se samo fusnote u kojima se upućuje na izvješće znanstvenog gremija UN-a za pitanja zatopljenja klime, IPCC-a. U jednoj se fusnoti ukazuje i na određene stranice u izvješću IPCC-a.
Sporazum nalaže da se proces pregovora mora pokrenuti 'što je prije moguće, a ne kasnije od travnja 2008.', s obzirom da prva faza Kyota istječe 2012.
Stajališta su do pred sam kraj konferencije bila tako nespojiva da je i glavni tajnik UN-a Ban Ki Moon doletio iz posjeta istočnom Timoru na Bali kako bi apelirao na sudionike da se suglase oko kompromisa.
'Iskreno, razočaran sam nedostatkom napretka' u razgovorima, kazao je glavni tajnik Ban Ki-moon, došavši na zadnju plenarnu sjednicu kako bi i svojim utjecajem pomogao u donošenju rješenja.
'No postaje kasno, vrijeme je da se donese odluka, u vašim je rukama sposobnost da svijetu date pozitivan ishod te konferencije', istaknuo je Ban Ki-Moon pozivajući sudionike da postignu kompromis.
Koliko su pregovori bili naporni i dramatični, otegnuvši se dugo u noć i završivši napokon usvajanjem kompromisa u subotu (po lokalnom vremenu), ilustrira i nastup voditelja tajništva UN-a za pitanja klime, nizozemskog diplomata Yvo de Boera. De Boeru koji je djelovao potpuno iznureno je pred izaslanicima konferencije zakazao glas i pred zoru je u suzama napustio konferencijsku dvoranu. Emocionalni ispad de Boera potaknula je izravna kritika kineskog izaslanstva da je zakazao plenarnu sjednicu delegata iako je znao da se paralelno još nastavljaju pregovori u malom krugu.