Brđanina je Kazneni sud za bivšu Jugoslaviju 2007. osudio na 30 godina zatvora zbog zločina nad nesrpskim stanovništvom u BiH. Uhitio ga je SFOR 1999. i prevezao u Haag.
Na sudu je bio proglašen krivim za zločine koji uključuju progone, mučenje, deportacije i prisilno premještanje počinjene nad nesrpskim stanovništvom u Bosni i Hercegovini.
Kaznu je služio u Haagu i u Danskoj, a prije nekoliko dana je pušten na slobodu zbog teškog zdravstvenog stanja.
Nakon ujedinjenja nekoliko "srpskih autonomnih" područja u Republiku Srpsku, Brđanin, član SDS-a, bio je potpredsjednik njezine vlade.