Deby (68) došao je na vlast u pobuni 1990. i bio je jedan od najdugovječnijih afričkih lidera.
Njegovi suradnici objavili su u ponedjeljak da će se pridružiti vojnicima u borbi protiv terorista, kako ih naziva, nakon što su pobunjenici stacionirani na sjevernoj granici s Libijom napredovali stotine kilometara južno prema prijestolnici N'Djameni.
Uzrok smrti predsjednika Čada nije još poznat. BBC piše kako je preminuo u sukobu s pobunjenicima.
Glasnogovornik vojske Azem Bermendao Agouna izvijestio je o Debyjevoj smrti na državnoj televiziji, okružen skupinom vojnih časnika iz Nacionalnog prijelaznog vijeća.
"Poziv za dijalog i mir upućen je svim Čađanima u zemlji i inozemstvu kako bismo nastavili zajedno graditi Čad", rekao je Agouna.
"Nacionalno prijelazno vijeće uvjerava narod Čada da su poduzete sve mjere za osiguranje mira, sigurnosti i republičkog poretka."
Zapadne zemlje smatrale su Debyjem saveznikom u borbi protiv islamističkih skupina, uključujući Boko Haram u bazenu jezera Čad i skupina povezanih s Al-Kaidom i Islamskom državom u Sahelu.
Deby je također bio suočen s jačanjem nezadovoljstva javnosti zbog upravljanja naftnim bogatstvom Čada i obračuna s protivnicima.
Pobjeda na izborima osigurala mu je šesti mandat, ali su glasanje 11. travnja bojkotirali oporbeni čelnici.