Predmet protiv Novakovića Srbiji je ustupilo Državno odvjetništvo Hrvatske, koje ga je teretilo da je u razdoblju od rujna 1991. godine do 28. siječnja 1992. godine naredio i sudjelovao u miniranju i potapanju hidroelektrane Peruča u Hrvatskoj.
Nakon pribavljanja dodatnih dokaza vještačenjem glasa utvrđeno je kako nema elemenata kaznenog djela, odnosno da ni iz jednog prikupljenog dokaza ne proizlazi da je Novaković na bilo koji način sudjelovao u izdavanju ili prenošenju naredbi za rušenje brane HE Peruča.
Novaković je bio osumnjičen na osnovu audio-snimki telefonskog razgovora od 29. siječnja 1993. godine, koji su presrele oružane snage Republike Hrvatske i transkripata tog razgovora između oficira vojske tzv. Republike Srpske Krajine, između Ratka Mladića i osobe za koju se sumnjalo da je Novaković, koja je prihvatila naredbu za rušenje brane.
Istražni sudac Specijalnog suda za ratne zločine u Beogradu naredio je vještačenje glasa, koje je završeno 5. listopada ove godine i kojim je ustanovljeno kako u tom razgovoru nije sudjelovao osumnjičeni Novaković.
'Rezultati analize pokazuju da postoji značajan stupanj vjerojatnosti kako uzorci govora u snimci koja je dostavljena i u snimci koja je pregledana na sudu ne pripadaju istoj osobi, odnosno da u telefonskom razgovoru nije sudjelovao Novaković', kazao je Vekarić.
Prema njegovim riječima, na tom slučaju - jednom od sedam slučajeva koje je Hrvatska prepustila srbijanskom pravosuđu na temelju Sporazuma o suradnji u progonu počinitelja kaznenih djela ratnih zločina - Tužiteljstvo za ratne zločine Srbije radilo je posljednjih pet mjeseci.