Naletilić, poznat i po nadimku Tuta, bio je osnivač i zapovjednik tzv. Kažnjeničke bojne, vojne jedinice Hrvatskog vijeća obrane (HVO), a 31. ožujka 2003. proglašen je krivim za progone, protuzakoniti rad, mučenje, hotimično nanošenje velikih patnji ili teških ozljeda tijela ili zdravlja, protuzakonito preseljenje civila, bezobzirno razaranje i pljačkanje.
Raspravno je vijeće, između ostalog, zaključilo da je Naletilić više puta bio odgovoran za mučenje, okrutnost i namjerno nanošenje velikih patnji bosanskim Muslimanima u Doljanima, u Duhanskom institutu u Mostaru i u zatočeničkom centru Heliodromu.
Prema ICTY-jevu priopćenju, osobno je sudjelovao u prisilnom preseljenju oko 400 Muslimana iz sela Sovića i Doljana, nakon čega je naredio da se spale sve muslimanske kuće. Osim toga, ratne zarobljenike tjerao je na prisilni rad u blizini svoje vile.
Naletilić je osuđen na 20 godina zatvora. Suoptuženik u tome predmetu, Vinko Martinović, osuđen je na 18 godina zatvora. Žalbeno je vijeće 3. svibnja 2006. potvrdilo Naletilićevu kaznu.