Lugovoj negira sudjelovanje u ubojstvu Litvinenka uz optužbe kako je Litvinenko, kao i ruski milijarder u egzilu Boris Berezovski kontaktirao s britanskim specijalnim službama.
'Ured za istrage FSB-a u Rusiji, uz pristanak glavnog tužiteljstva Ruske Federacije, otvorio je 14. lipnja 2007. kriminalističku istragu o špijunaži na temelju provjere izjava ruskog poslovnog čovjeka Andreja Lugovoja', objavljeno je iz službe za odnose s javnošću FSB-a.