61-godišnji Krajišnik osuđen je po optužnici koja ga je, na temelju individualne i zapovjedne odgovornosti, teretila u 2 točke za genocid i suučesništvo u genocidu, u 5 točaka za istrebljenje, ubojstva, progone na političkoj, rasnoj ili vjerskoj osnovi, deportacije i nečovječno postupanje kao zločine protiv čovječnosti te za ubojstva kao kršenje ratnog prava i običaja.
Prvostupanjsko sudsko vijeće na čelu s predsjednikom vijeća Alphonsom Oriejom Krajišnika je, ocijenivši da to nije dokazano, oslobodilo krivnje za genocid i suučesništvo u genocidu te za jednu točku ubojstva kao kršenje ratnog prava i običaja, dok je proglašen krivim po svih pet točaka za istrebljenje, ubojstva, progone na političkoj, rasnoj ili vjerskoj osnovi, deportacije i nečovječno postupanje kao zločine protiv čovječnosti.
Vijeće je ustvrdilo da je Krajišnik dao odobrenje za početak programa izgona na sjednici skupštine bosanskih Srba kad je pozvao na "provedbu onoga o čemu smo se suglasili - etničke podjele na terenu'".
Vijeće je utvrdilo da je Krajišnikova uloga u počinjenju zločina za koje je osuđen bila "ključna, jer je obnašao visoke dužnosti u političkom vodstvu bosanskih Srba".
U sažetku obrazloženja presude vijeće je zaključilo da, iako su počinjeni zločini zapravo bili actus reus genocida, dokazi "ne pokazuju da je... genocid bio dijelom zajedničkog cilja udruženog zločinačkog poduhvata u kojem je Krajišnik, kako su pokazali dokazi, sudjelovao, niti da je Krajišnik imao namjeru potrebnu za počinjenje genocida."
U jedinstvenu kaznu od 27 godina zatvora uračunava mu se vrijeme provedeno u pritvoru Haškog suda, u kojem je od 2000. godine.