Mandić, koji je tijekom rata u BiH obnašao dužnost ministra pravde u vladi bosanskih Srba, bio je optužen da je u travnju 1992. godine zapovjedio napad na policijsku školu MUP-a tadašnje Republike BiH u Sarajevu kada je veliki broj kadeta i njihovih nastavnika zarobljen i potom zlostavljan u zatočeništvu.
Mandića se također teretilo da je kao ratni ministar pravde u vladi na Palama odgovoran za zlostavljanja zatočenih u zatvorima pod kontrolom vlasti bosanskih Srba, prije svega onih u okolici Sarajeva kao i u Foči.
Sud je zaključio kako Mandić nije odgovoran za progon nesrpskog stanovništva u BiH na nacionalnom, etničkom i vjerskom osnovu.
Predsjedatelj sudskog vijeća Davorin Jukić kazao je kako tužitelj nije uspio dokazati Mandićevu konkretnu odgovornost premda je nedvojbeno da su navedena kaznena djela doista počinjena.
Mandiću je suđenje za ratne zločine počelo u studenom 2006. godine, a on je već tada bio pravomoćno osuđen zbog zloporabe službenog položaja i ovlasti te krivotvorenja isprava.
Prvotna kazna od devet godina zatvora naknadno mu je smanjena na petogodišnju kaznu, a Mandića je sud u listopadu prošle godine proglasio krivim za protupravno financiranje Srpske demokratske stranke iz sredstava Privredne banke u Istočnom Sarajeva čiji je bio direktor.
Banka je zbog neopravdanog kreditiranja SDS-a kasnije dospjela pod stečaj.
Momčilo Mandić godinama je slovio za osobu od najvećeg povjerenja Radovana Karadžića. Pretpostavljalo se kako je on nakon rata bio jedan od ključnih financijera Karadžićeva skrivanja od Haaškog tribunala.
Mandić je od 1997. godine uglavnom boravio izvan BiH, a uhićen je u Crnoj Gori 2006. te potom izručen sudu u Sarajevu.