Rajić se potvrdno izjasnio o krivnji za sudjelovanje u napadu na selo Stupni Do, u središnjoj Bosni, u listopadu 1993. godine.
Zapovijedao je napadom u kojem je ubijen 31 muslimanski civil, uključujući žene, starce i djecu, i u kojem je uništeno cijelo selo.
Dvanaest godina kasnije, 26. listopada 2005., Ivica Rajić izjasnio se krivim po tim optužbama. Na raspravi o kazni, održanoj u travnju 2006., ispričao se obiteljima stradalih i izrazio sućut "za bol koju trpe zbog gubitka najmilijih", navodi se u priopćenju.
Raspravno vijeće ICTY-a, uz ostale čimbenike, uzelo je u obzir tu Rajićevu izjavu i osudilo ga na 12 godina zatvora, a na kaznu se nisu žalile ni optužba ni obrana.