Perišić je na čelu nekadašnje JNA bio u razdoblju od 1993. do 1998., a optužnica ga tereti za pomaganje bosanskim Srbima u pokolju osam tisuća muslimana u Srebrenici i četverogodišnjoj opsadi Sarajeva.
Također je optužen za propust u sprječavanju ili kažnjavanju hrvatskih Srba za granatiranje Zagreba u svibnju 1995. u kojem je poginulo sedam civila.
'Još nikad zapovjednik glavnog stožera neke vojske nije smatran odgovornim za zločine koje su počinili pripadnici vojske druge države ili entiteta', rekao je Perišić, kako prenose beogradski mediji.
Perišić je dodao da je na mjesto prvog čovjeka vojske došao u 'teškom trenutku, kada je u Hrvatskoj bilo stanje ni rata ni mira, a u Bosni se rat rasplamsavao'. Uvjeren je da je zaslužan za sprečavanje širenja rata i za reforme u vojsci te je dodao da je na tadašnji režim Slobodana Miloševića '"pokušao utjecati na sve načine, osim vojnoga udara'.
Izrazivši žaljenje 'zbog svih žrtava zločina počinjenih na prostoru Jugoslavije', Perišić je istaknuo kako mrzi ratove, a 'posebno onaj na području Jugoslavije koji je bio građanski, vjerski i međuetnički što je pogubno za svako društvo'.
Prvoga dana suđenja Perišić se izjasnio da nije kriv po 13 točaka optužnice za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti za ubojstva, progone po političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi i napade na civile koje su počinile snage bosanskih i hrvatskih Srba.
U uvodnoj riječi tužitelj Mark Harmon nazvao je Perišića 'jednim od glavnih suradnika Slobodana Miloševića' u provođenju Miloševićeva plana da na dijelovima BiH i Hrvatske silom osnuje 'jedinstvena srpska država'.
Potčinjenost Mladića i drugih oficira Perišiću, po tužitelju, dokazuje činjenica da su oni bili plaćani, unaprjeđivani i raspoređivani preko 30. i 40. kadrovskog centra Glavnog stožera jugoslavenske vojske koje je osnovao general Perišić.
Dokazi optužbe će pokazati, najavio je Harmon, da je Perišić slao u RS i RSK 'velike količine oružja, streljiva i druge vojne opreme', da je 'raspoređivao visoko rangirane oficire VJ' u vojske Srba u BiH i Hrvatskoj, kao i da je regularne postrojbe VJ upućivao na bojišta u Bosnu.
'Usto, Perišić je svjesno i stalno zanemarivao dužnost da spriječi ili istraži i kazni zločine', rekao je tužitelj.
Harmon je precizirao da će vezu između jugoslavenske vojske i zločina za koje je odgovorna tzv. Vojska Republike Srpske optužba, među ostalim, dokazati i predočavanjem čahura pronađenih na mjestima masovnih pogubljenja oko Srebrenice, kao i dijelova granata palih na Sarajevo koje su proizvedene u Jugoslaviji dok je Perišić bio na čelu Glavnoga stožera.