Tijekom osam godina Stanišić je agenta CIA-e Williama Lofgrena na tajnim sastancima u sigurnim kućama te na brodovima i splavima na Savi potanko obavještavao o načinu djelovanja Miloševićeva režima. Otkrio je podatke o lokacijama NATO-vih talaca, pomogao operativcima CIA-e u pronalaženju masovnih grobnica i uspostavi tajnih baza u BiH, ali je američkoj strani dostavio i nacrte bunkera i drugih objekata koje su srpske tvrtke izgradile u Iraku za Sadama Huseina.
Istodobno, podsjeća LA Times, Stanišić je za Miloševića osnovao odrede smrti koji su provodili kampanju genocida i po mišljenju mnogih bio je alfa i omega režima koji je svijetu podario novu jezovitu riječ - etničko čišćenje. Tužiteljstvo Haaškog suda (ICTY), gdje čeka suđenje, tereti ga za zločine zbog kojih bi mogao dobiti doživotnu kaznu, a Lofgren, koji je sada umirovljen, tvrdi da je CIA sastavila dokument koji pokazuje da je 'ta navodno zla osoba učinila puno dobra'.
Pomogao uspostavi mira u BiH
Kad je 2003. ubijen premijer Zoran Đinđić, koji je poslao Miloševića u Haag, Stanišić je uhićen i pritvoren na tri mjeseca. Nakon toga je, bez ikakva objašnjenja, također poslan u Den Haag 'Na stranu haaška optužnica', kazao je Lofgren, 'ima stvari koje je taj čovjek učinio, i koje su pomogle u prekidu neprijateljstava i uspostavi mira u Bosni'. U proljeće 1993. Stanišić je, kako tvrdi Lofgren, izvršio pritisak na Ratka Mladića da nakratko obustavi granatiranje Sarajeva. Dvije godine poslije pomogao je u oslobađanju 388 vojnika NATO-a koje su bosanski Srbi uzeli kao taoce. Svukli su s njih odore i privezali ih za električne stupove koristeći se njima kao ljudskim štitom protiv zračnih udara, a Stanišić je 'uz potporu vodstva CIA-e' pregovarao o njihovu oslobađanju.
Pošto se s Miloševićem vratio s mirovnih pregovora u Daytonu, dobio je zadatak da političkog vođu bosanskih Srba Radovana Karadžića nagovori da se povuče. Također je CIA-i pomogao u uspostavi mreže baza za nadzor prekida vatre, piše list. Doug Smith, načelnik CIA-e u BiH, prisjeća se kako Stanišić nije podnosio Miloševića.
'Nikako ga nije podnosio. Govorio je koliko je nepošten i pokvaren', kazao je Smith. Po sjećanju očevidaca, direktor CIA-e John M. Deutch toplo je 1996. primio Stanišića u CIA-inu stožeru i darovao mu sačmaricu 'Parker', vrlo cijenjenu među kolekcionarima. Ugošćen je u jazz klubu Blues Alley, a na istočnim obalama Marylanda uživao je u lovu.
Milošević od otpustio zbog straha da kuje urotu
Deutch, sada profesor na MIT-u, odbio je išta reći o Stanišiću. S vremenom je Stanišić uspio uvjeriti Miloševića da mu dopusti da počne kontakte s CIA-om kao pomoćnim kanalom za komunikaciju sa Zapadom, no sve tješnje veze Stanišića i CIA-e razljutile su srbijanskog vožda. U strahu da protiv njega ne kuje urotu, Milošević ga je otpustio 1998., tvrdi list.
Iduće godine bile su kaotične. Nakon rata na Kosovu Milošević je morao sići s vlasti 2000. Sljedeće je godine uhićen i prebačen u Den Haag gdje mu se sudilo za ratne zločine, a 2006. preminuo je od srčanog udara. Nakon serije političkih likvidacija pojavile su se glasine da sve konce vuče Stanišić.
Kad je 2003. ubijen premijer Zoran Đinđić, koji je poslao Miloševića u Haag, Stanišić je uhićen i pritvoren na tri mjeseca. Nakon toga je, bez ikakva objašnjenja, također poslan u Den Haag. Zadnjih pet godina Stanišić provodi na relaciji Beograd-pritvorska jedinica ICTY-ja. Njegovo je suđenje prošle godine odgođeno zbog lošeg zdravstvenog stanja, a ako mu se stanje poboljša, suđenje bi mu se moglo nastaviti ove godine.
Stanišić je rastavljen i djeca su se od njega otuđila. Haaški sud optužio je Stanišića i Franka Simatovića da su sudjelovali u udruženom zločinačkom pothvatu, cilj kojega je bio prisilno i trajno ukloniti većinu nesrba, u prvome redu Hrvate, bosanske muslimane i bosanske Hrvate, s velikih područja u Hrvatskoj i BiH. Među pojedincima koji su sudjelovali u tom udruženom zločinačkom pothvatu bili su Slobodan Milošević, Blagoje Adžić, Ratko Mladić, Radmilo Bogdanović, Radovan Stojičić, Mihalj Kertes, Milan Martić, Goran Hadžić, Milan Babić, Radovan Karadžić, Momčilo Krajišnik i Biljana Plavšić.