U zadnja tri tjedna u sudnici su kadšto sjedila tek dvojica od šest optuženika. Sudnicu je početkom veljače prvi napustio ratni zapovjednik vojne policije HVO-a Valentin Ćorić prosvjedujući zbog dužine suđenja i tražeći da se ono prekine dok se vrati u sudnicu. U pismu, koje je njegova odvjetnica Vesna Tomašegović-Tomić pročitala sucima 5. veljače, Ćorić je upitao može li biti pravedne presude u postupku koji bi se mogao protegnuti na osam godina. Njegove kvalifikacije suđenja poduprli su odmah suoptuženi general Slobodan Praljak, koji smatra da se stalno osporava njegovo pravo na protuispitivanje, i bivši ministar obrane Bruno Stojić.
Tjedan dana kako je Ćorić napustio sudnicu, polovicom veljače, pridružio mu se i bivši premijer Jadranko Prlić također zbog toga što sumnja u pravičnost suđenja, odnosno zato što nije bio zadovoljan jednom od odluka raspravnog vijeća. Kako je 12. veljače objasnio sucima njegov odvjetnik Michael Karnavas, Prlić se pita ostvaruje li se njegovo pravo na pravično suđenje, hoće li rezultat toga suđenja biti pravedan i hoće li ikada doživjeti slobodu. Stoga je Prlić, objasnio je prije deset dana Karnavas, odlučio da neće sudjelovati u preostalu dijelu postupka.
Petković je sa suđenja odsutan zbog zdravstvenih razloga, a sa suđenja je u zadnje vrijeme izostao i bivši šef komisije za razmjenu zarobljenika Berislav Pušić. Suđenje bivšim čelnicima HR Herceg Bosne - premijeru Jadranku Prliću, ministru obrane Bruni Stojiću, zapovjedniku vojne policije HVO-a Valentinu Ćoriću, zapovjednicima HVO-a generalima Slobodanu Praljku i Milivoju Petkoviću, te šefu komisije za razmjenu zarobljenika Berislavu Pušiću - počelo je 26. travnja 2006. pod optužbom za zločine protiv čovječnosti počinjene protiv Bošnjaka i drugih nehrvata na područjima BiH koje su namjeravali pripojiti Hrvatskoj 1993./94.
Gotovo pet godina nakon dobrovoljne predaje optuženika (u travnju 2004.) Haaškom sudu obrana izvodi dokaze. Dosad je svjedoke izvela tek Prlićeva obrana, a od siječnja dokaze izvodi Stojićeva obrana. Na početku suđenja raspravno je vijeće ograničilo izvođenje dokaza optužbe na rok od godinu dana, a svim braniteljima zajedno je dalo isto vrijeme za dokazni postupak obrane.