Radovan Karadžić nestao je iz javnosti krajem lipnja 1996. godine, kada je u dogovoru sa SAD-om napustio položaj. Prema tvrdnjama bivše glasnogovornice haaškog suda Florence Hartmann, pored sporazuma, Karadžić je s Richardom Holbrooke postigao tajni dogovor prema kojem mu Amerikanci jamče sigurnost od uhićenja.
Prema pisanju medija, Karadžić je prve godine bijega proveo na području Foče, nedaleko bosanskohercegovačke i crnogorske granice i u vojnoj bazi u Han Pijesku. Često je prelazio na sjever Crne Gore.
Strane obavještajne službe započele su operaciju stalnog nadzora nad Karadžićevom obitelji. U siječnju 1997. snage SFOR-a pojačale su kontrolu na putu Han Pijesak - Sokolac, vjerojatno u potrazi za Karadžićem, ali bez uspjeha. Bivša glasnogovornica haaškog suda tvrdi da je Karadžić jednom prilikom 1997. ruskim zrakoplovom prebačen u Bjelorusiju, gdje se krio nekoliko mjeseci.
Tada su zabilježeni i prvi pregovori o predaji što je potvrdio i bivši zamjenik glavnog haaškog tužitelja. Međunarodni istražitelji 1999. pregovarali su s Karadžićem o uvjetima njegove predaje, ali dogovor nije postignut. Tijekom 2001. francuski komandosi locirali su Karadžića GPS uređajem podmetnutim u automobil njegova rođaka. Ali, prema tvrdnjama Hartmann, francuski predsjednik Jackues Chirac nije odobrio akciju jer nije želio upasti u američku zonu.
SAD su 2001. godine raspisale nagradu za njegovo uhićenje u visini od pet milijuna dolara, dok je Vlada Srbije 2007. odredila nagradu od milijun dolara.
Kada je u BiH postalo "prevruće", Karadžić se, prema podacima srpskih obavještajnih organizacija, prebacio u Srbiju. Prema dosjeima srpskih službi sigurnosti, Karadžić se do ubojstva premijera Zorana Đinđića 2003. godine krio u Novom Sadu.
Zadnji ozbiljni pokušaj Karadžićevog uhićenja bio je 2004. godine, ali su tada navodno Amerikanci upozorili Karadžića da ga se Vlada Srbije sprema uhititi.