Šešelj je i tijekom procedure prije samog suđenja uvrijedio suce i odbio surađivati sa svojim braniteljima, nametnutim od strane suda, koje je nazvao špijunima. S vremenom je dobio i pravo da sam iznosi svoju obranu i da sam sebe zastupa pred haškim tribunalom. Šešelju se sudi za ratne zločine ubojstva, mučenja, progone, okrutnost, protjerivanje, neljudska djela te bezočno uništavanje i pljačku tijekom ratova u hrvatskoj i BiH.