Charlton je imao 20 godina kada se 6. veljače 1958. dogodila nesreća u kojoj su poginule 23 osobe.
Među ostalima, poginulo je i 8 nogometaša, među kojima i neki od najtelentiranijih iz tog vremena, poznatijih kao "Busbyjeve bebe". Nakon utakmice u Beogradu protiv Crvene zvezde rezultat je bio 3:3, no kako je na Old Traffordu bilo 2:1, Manchester je prošao dalje.
Nažalost, pri odlasku iz Beograda, avion se spustio u Muenchen gdje je trebao napuniti spremnik za gorivo. Zbog snijega i leda, pri polijetanju je pilot aviona izgubio kontrolu, krilom udario u kuću, potom u zgradu nakon čega se avion zapalio.
Poginuli su kapetan Roger Byrne, Mark Jones, Eddie Colman, Tommy Taylor, Liam Whelan, David Pegg i Geoff Bent. Prosječna starost bila je 24 godine.
Bila je to jedna od najvećih tragedija u povijesti nogometa, ali i prvi fatalni incident British Airwaysa, osnovanog samo par godina ranije 1952 godine.
Bivši reprezentativac Engleske Sir Bobby Charlton je u intervjuu za "Times" rekao je da ga je pad aviona, koji je on preživio "samo s posjekotinom na glavi", uvijek proganjao.
"Znate, osjećate se malo i krivim. Čak i danas. Razmišljam o tome svaki dan u životu.", rekao je Sir Charlton, koji je za Englesku odigrao 106 utakmica i postigao rekordnih 49 golova u dresu "gordog Albiona".
Charlton nikada prije nije govorio o nesreći, a "Timesu" je rekao da o nekim scenama koje je doživio nikada ni neće moći. Ipak, prisjetio se kako je došlo do nesreće.
"Avion je treći put pokušavao uzletiti s zametenog minhenskog aerodroma. Činilo mi se da je avionu trebalo puno vremena, a odjednom sam primijetio da svi misle isto. Potom je postalo vrlo tiho. Kroz prozor sam vidio kako udaramo u ogradu i tada smo shvatili da je situacija ozbiljna", rekao je Charlton.
Charlton se onesvijestio i probudio se izvan olupine aviona iz koje je izletio, 10 do 15 minuta poslije nesreće kada ga je spasio suigrač Harry Gregg. Charlton je kasnije prevezen u bolnicu.
"Prvo sam pitao za suigrače meni zaista bliske - Tommyja Taylora, Davida Pegga, Eddia Colmana. S njima sam bio dobar prijatelj i puno smo vremena provodili zajedno. Kada su nam u bolnici rekli da su svi poginuli nisam mogao razumjeti kako sam mogao biti 50 jardi (oko 46 metara) od aviona i dalje vezan za sjedalo, bez ikakvih ozljeda osim udarca u glavu", nastavio je Charlton za Times.
"Kako se to moglo dogoditi? Kako sam ja ostao živ a moji su prijatelji poginuli. Razmišljam o tome svaki dan, no nikada nisam razmišljao o tome kako sam imao sreće ili tome slično", rekao je Sir Bobby.
Charlton je sa Manchesterom 1968. godine osvojio titulu klupskog prvaka Europe, a s engleskom reprezentacijom 1966. i titulu svjetskog prvaka. Vitezom je proglašen 1994.