34-godišnji nogometaš nogometnu je karijeru počeo u Karlsruheu, a proslavio se u dresu Bayer Leverkusena.
U oproštajnoj utakmici igrali su Karlsruhe i momčad sastavljena od bivših i sadašnjih zvijezda njemačkog nogometa, poput Thomasa Hasslera, Jensa Lehmanna, Kevina Kuranyia, Olivera Neuvillea, Geralda Assamoaha, Pera Mertezakera.
Susret je završio rezultatom 8:6.
Nowotny je sredinom 2006. godine igrao i u zagrebačkom Dinamu, a tada se govorilo kako je to najveći transfer u povijesti kluba.
Iako je potpisao ugovor na tri godine, zbog ozljede je krajem 2006., bio prisiljen prekinuti s nastupima.