Prvu kontroverzu u vremenima izrazite religijske osjetljivosti izazvalo je citiranje bizantskog cara. 'Pokažite mi samo što je Muhamed donio novo, i naći ćete samo zle i neljudske stvari, poput zapovijedi da se mačem širi vjera', kazao je Papa 2006. godine. Bura se potom stišala i Papa je podržao uspostavu palestinske države, no protiv je opće zabrane nošenja burki na Zapadu i omogućio je povratak pod okrilje crkve onim protestantskim biskupima koji priznaju papu.
Prvi je poglavar Katoličke crkve u pet stoljeća koji je kročio u Westminstersku opatiju. Najveći problem s kojim se suočila Crkva je svećenička pedofilija. Zlostavljanja su trajala desetljećima, kao i zataškavanja. Crkva u Americi je bankrotirala, i vjernici su je napuštali diljem svijeta. Uslijedile su isprike, ali tek nedavno i uputstvo biskupima da slučajeve pedofilije prijave policiji.
Kritika korištenja kondomima
Problem AIDS-a ne može se prevladati samo novcem. Pomaže, ali bez duše, novac neće pomoći. To se ne može prevladati samo dijeljenjem kondoma. Upravo time se problem samo povećava 'Želio bih zastati kako bih priznao stid koji osjećamo zbog seksualnog zlostavljanja djece od strane klera i vjerskih čelnika u ovoj zemlji. Iskreno mi je žao zbog boli i patnje koje su pretrpjele žrtve', kazao je Papa 2008. godine. Kritike iz UN-a, Europske Unije, kao i aktivista u borbi protiv AIDS-a Papa je izazvao tijekom prvog putovanja u Afriku, kontinent kojim hara AIDS. 'Problem AIDS-a ne može se prevladati samo novcem. Pomaže, ali bez duše, novac neće pomoći. To se ne može prevladati samo dijeljenjem kondoma. Upravo time se problem samo povećava', kazao je. Radikalna promjena godinu i pol dana poslije kada Papa odlučuje kako se Kondomi mogu koristiti u slučajevima kada se njima može spriječiti širenje AIDS-a. Kao primjer Papa navodi muške prostitutke.
'Stvar je u tome da uporaba kondoma treba biti prvi korak prema odgovornosti u svjesnosti rizika za život druge osobe. Bez obzira je li riječ o muškarcu, ženi ili transseksualcu', kazao je glasnogovornik Vatikana Federico Lombardi. Prije nego što je postao Papa kardinal Ratzinger bio je drugi čovjek Vatikana, gotovo četvrt stoljeća je vodio Kongregaciju za nauk vjere. Postavio ga je papa Ivana Pavao II.