Istrage za sve kaznene predmete postaju tajne, a svi koji doznaju podatke prikupljene u istrazi ili saznaju da se same radnje obavljaju, dužni su te informacije čuvati kao tajnu. U suprotnom bi mogle odgovarati za kazneno djelo odavanja službene tajne, za što je zapriječena kazna od tri mjeseca do tri godine zatvora. Ako je riječ o vrlo povjerljivim podatcima ili ako je tajna odana iz koristoljublja, kazna može biti i desetogodišnja.
Zakonodavac se na takvo rješenje odlučio polazeći od presumpcije nevinosti, odnosno ustavnog prava da je svatko nedužan dok mu se pravomoćnom presudom ne utvrdi krivnja. Ocijenjeno je da se objavom podataka iz istrage, dok još nije utvrđeno ni postoji li dovoljno dokaza za optužnicu, krši to pravo, ali i da se utječe na svjedoke.
Odredbe ZKP-a o tajnosti istrage koje stupaju na snagu 1. siječnja 2009. odnose se na odvjetnike, tužitelje, novinare, no nejasno je kako će se ta odredba odraziti na saborske zastupnike koje štiti imunitet.
Jedna od najvažnijih novosti ZKP-a, ukidanje sudske istrage koju će ubuduće voditi državni odvjetnik, a ne kao do sada istražni sudac, počet će se primjenjivati od srpnja u USKOK-ovim predmetima, odnosno od rujna 2011. u svim ostalim kaznenim predmetima.
Sadašnji istražni suci postaju suci istrage, a njihov broj će se smanjiti. Oni će nadzirati zaštitu ljudskih prava, uređivati odnose između okrivljenika i tužitelja, određivati pritvor na prijedlog državnih odvjetnika te odobravati posebne mjere prikupljanja dokaza, kao što su praćenje, prisluškivanje i pretrage.
Novosti je i da će državni odvjetnici moći zaposlene u državnim službama, kao što su carina, porezna uprava i državni inspektorat, imenovati istražiteljima u pojedinoj istrazi u točno određenu svrhu. Na taj će se način, smatraju u Ministarstvu pravosuđa, olakšati i poboljšati prikupljanje podataka iz državnih služba jer je do sada suradnja s odvjetništvom nerijetko bila slaba.
Istrage će se provoditi za teža kaznena djela, a za blaža će državni odvjetnici moći provesti skraćen postupak. U Ministarstvu smatraju kako će se najveći broj postupaka voditi upravo na taj način te da će kazneni postupak postati ekonomičniji te rasteretiti suci kako bi radili na težim predmetima.
U Ministarstvu pravosuđa najavljuju da bi se do sredine iduće godine trebala osnovati agencija za upravljanje oduzetom imovinom, odnosno zakonski urediti to područje.