Državna je revizija 77,1 posto javnih ustanova dala uvjetnu ocjenu, 21,1 posto dobilo je bezuvjetnu, a 1,8 posto jedinica ocijenjeno je nepovoljno, no među njima nema nijednog ministarstva ili državnog poduzeća.
Uvjetnim ocjenama ocijenjena su ministarstva gospodarstva, mora, poljoprivrede, pravosuđa, znanosti, Carinska uprava, Porezna uprava, HZZO, HNK, HEP, Ravnateljstvo za robne rezerve, Narodne novine, OiV i dr. To znači da je cjelokupno poslovanje ocijenjeno pozitivnim, no da se dio poslovanja u manjoj mjeri nije obavljalo u skladu s vrijedećim propisima.
Primjerice, državnom hidrometeorološkom zavodu zamjereno je to što nije ujedinilo financijski plan prihoda i primitaka, rashoda i izdataka prema izvorima financiranja, niti je ustrojena knjiga sitnog inventara. Državni hidrometeorološki zavod prihvatio je nalaze Državnog ureda za reviziju, međutim, tvrdi da ne može planirati prihode za proračunsku godinu jer obveze po Zakonu o obrani od tuče većina obveznika ne poštuje ni u iznosu ni u dinamici plaćanja.
Kad je riječ o Ministarstvu gospodarstva, Državna revizija tvrdi da su bez primjene propisanih postupaka javne nabave korištene usluge higijenskog održavanja zgrade u vrijednosti 2,045.103,77 kuna, te da ni za nabave ostalih roba i usluga nisu potpuno primjenjivani postupci javne nabavke. Nije donesen akcijski plan potpora i poticaja u kojem je trebalo posebno obuhvatiti mjere u slučaju nenamjenskog korištenja sredstava, te jedinstvene postupke prema korisnicima državnih potpora koji ne postupaju u skladu s preuzetim obvezama.
Zatim, nisu poduzete mjere i aktivnosti za ubrzanje sanacije prostora šibenske Tvornice elektroda i ferolegura. Za program razvoja konkurentnosti i izvozne orijentiranosti nije sastavljen detaljan plan troškova, sudionici programa nisu ovjerili dokumentaciju o izvršenim uslugama, nije obavljena kontrola provođenja programa i trošenja proračunskih sredstava, plaćanje nije obavljeno u skladu s programom i uputama za financiranje programa. Sredstva za subvencije kamata nisu isplaćivane na temelju izvješća županija.
Carinskoj je upravi zamjereno što obračun naplate posebnih poreza nije znatnije poboljšan do kraja 2005. Također, nije uspostavljen cjeloviti registar obveznika plaćanja posebnih poreza. Hrvatski zavod za zdravstveno osiguranje nije realno planirao rashode za lijekove, ortopedska i druga pomagala te specijalističko-konzilijarnu zdravstvenu zaštitu koja se provodi u bolnicama.
Za nabavu lijekova nije proveden postupak javne nabave u skladu s odredbama Zakona o javnoj nabavi.