Osuđeni su za pokolj na Ovčari u studenome 1991. Pravoomoćnom presudom Veselinu Šljivančaninu kazna je podignuta na 17 godina, dok je Mili Mrkšiću potvrđena kazna od 20 godina. Žalbeno vijeće utvrdilo je da je Šljivančanin ipak bio odgovoran za pomaganje u ubojstvima 194 zatočena Hrvata na Ovčari.
Suci su utvrdili da je nakon što je Šljivančanin saznao za Mrkšićevu zapovijed za povlačenje snaga JNA s Ovčare kojom su zarobljeni Hrvati ostali prepušteni lokalnim srpskim snagama 'jedini razumni zaključak da je Šljivančanin bio svjestan da bi Teritorijalna obrana i paravojne snage vjerojatno ubile ratne zarobljenike i da bi, ukoliko ne bi poduzeo potrebne mjere, taj njegov propust pomogao u ubijanju zatočenika', rekao je predsjedavajući sudac Theodor Meron obrazlažući žalbenu presudu u Haagu.
Prvostupanjsko vijeće Haškog suda osudilo je 27. rujna 2007. bivšeg zapovjednika Operativne skupine Jug JNA Mrkšića na 20 godina zatvora, a majora Šljivančanina na pet godina zatvora. Treći zapovjednik u skupini 'Vukovarske trojke', kapetan Miroslav Radić oslobođen je tada optužbi i na to se tužitelji nisu žalili.
I tužiteljstvo i obrana Mrkšića i Šljivančanina žalili su se na prvostupanjsku presudu protiv dvojice zapovjednika. Sva trojica zapovjednika Jugoslavenske narodne armije bila su optužena za masovni pokolj počinjen na Ovčari 20. studenoga 1991., nakon pada Vukovara.
'Došlo je do očite pogreške u prvostupanjskoj presudi'
Žalbeno vijeće ICTY-a povisilo je kaznu Šljivančaninu na temelju toga što ga je, suprotno prvostupanjskoj presudi, proglasilo krivim za pomaganje u ubojstvima 194 Hrvata koje su snage JNA izvele iz vukovarske bolnice i prebacile ih na svinjogojsku farmu Ovčara gdje su pogubljeni 20. i 21. studenoga 1991. Žalbeni suci su, naime, utvrdili kako je Šljivančanin morao znati da će pripadnici Teritorijalne obrane i srpskih paravojnih formacija ubiti zarobljenike nakon što su se s Ovčare povukle regularne snage JNA.
Prema obrazloženju presude, on je na temelju Ženevskih konvencija bio dužan zaštititi zarobljenike, uključujući i to da ih nije smio prepustiti drugim snagama, a da se pritom sam nije uvjerio da im neće nauditi. Pri tome su zaključili da u iznimnim situacijama zapovjednici moraju ići i iznad svojih obveza utvrđenih vojnim propisima kako bi pružili svu potrebnu zaštitu zarobljenicima.
Suci su stoga zaključili da je došlo do 'očite pogreške' u prvostupanjskoj presudi koju su ocijenili 'nerazumnom' jer nije odražavala Šljivančaninovu ulogu i težinu kaznenih djela koje je počinio.
Istovremeno, žalbeno vijeće odbacilo je sve žalbene osnove Mrkšića i Šljivančanina. Oni su zadržani u pritvoru u kojem su do sada proveli nešto više od četiri godine i u kojem će čekati prebacivanje na odsluženje zatvorske kazne.
Sabor donio i Deklaraciju zbog presude 'vukovarskoj trojci'
Sudsko vijeće u prvotnoj presudi je ustvrdilo da na Ovčari nisu ubijeni civili, nego ratni zarobljenici dovedeni iz vukovarske bolnice. Također, ustvrdili su i da su ubojstvo 194 osobe izvele Teritorijalna obrana (TO) i srpske paravojne snage. Stoga su optuženi oslobođeni optužbe izravne odgovornosti za pokolj i odvođenje oko 300 osoba iz vukovarske bolnice na Ovčaru, gdje ih je pobijeno najmanje 264.
Hrvatski sabor donio je nakon prvotne presude Deklaraciju o presudi Međunarodnog kaznenog suda u Haagu za ratni zločin na Ovčari i suradnji s tim sudom, u kojoj se ističe da je presuda 'vukovarskoj trojci' dovela u pitanje ispunjenje zadanog mandata Suda prema rezoluciji Vijeća sigurnosti UN-a po kojoj je osnovan.