Haški je sud šestoricu bosanskohercegovačkih Hrvata u svibnju 2013. nepravomoćno osudio na kazne od 10 do 25 godina zatvora zbog zločina nad muslimanima tijekom rata u BiH osmišljenih u okviru udruženog zločinačkog pothvata. Bivši predsjednik Vlade Herceg-Bosne Jadranko Prlić nepravomoćno je tada osuđen na 25 godina zatvora, bivši ministar obrane Bruno Stojić i bivši načelnici Glavnog stožera HVO-a Slobodan Praljak i Milivoj Petković na po 20 godina zatvora, bivši zapovjednik vojne policije Valentin Ćorić na 16, a načelnik Ureda za razmjenu zarobljenika Berislav Pušić na 10 godina zatvora.
Raspravno vijeće većinom je glasova, uz suprotno mišljenje predsjedavajućeg suca Jeana Claudea Antonettija, tada zaključilo da je sukob između HVO-a i Armije BiH 1993.-94. godine bio međunarodni sukob uz umiješanost Hrvatske te da je većina zločina nad muslimanskim stanovništvom Herceg-Bosne za koje su se teretili optuženi počinjena u okviru udruženog zločinačkog pothvata u kojem je sudjelovao i dio političkog i vojnog vodstva Republike Hrvatske, uključujući i predsjednika Franju Tuđmana.
Cilj toga udruženog zločinačkog pothvata, prema zaključcima presude, bio je uspostava etnički čistog hrvatskog entiteta barem djelomično u granicama Banovine Hrvatske iz 1939. godine i njegovo pripajanje Hrvatskoj kako bi se ponovo ostvarilo ujedinjenje hrvatskog naroda u slučaju raspada BiH, odnosno da on postane neovisna država unutar BiH tijesno povezana s Hrvatskom. Vijeće je zaključilo da su HVO i HZHB bili u funkciji ostvarivanja različitih aspekata zajedničkog zločinačkog cilja uspostave etnički homogenog prostora.
Hrvatska dva puta pokušala intervenirati u svojstvu prijatelja suda
Hrvatska se pokušala u rujnu 2006. uključiti u prvostupanjski postupak u svojstvu "prijatelja suda" tvrdeći da će njezini pravni stručnjaci i povjesničari opovrgnuti teze tužiteljstva o udruženom zločinačkom pothvatu i sudjelovanju hrvatskog državnog i vojnog vrha u tome. Sudsko vijeće, odbijajući hrvatski zahtjev, tada je prihvatilo ocjenu tužiteljstva da bi Hrvatska u tome bila pristrana i da se ne bi bavila pravnim pitanjima, što je posao prijatelja suda, nego činjenicama.
Deset godina kasnije, u ožujku 2016., Hrvatska je ponovno neuspješno zatražila da se u svojstvu "prijatelja suda" uključi u žalbeni dio postupka zbog nepravomoćne presude u kojoj su najviši hrvatski dužnosnici - bivši predsjednik Franjo Tuđman, bivši ministar obrane Gojko Šušak i bivši načelnik glavnog stožera HV-a general Janko Bobetko proglašeni sudionicima udruženog zločinačkog pothvata u svrhu etničkog čišćenja dijelova BiH.
"Zločinački cilj"
Prvostupanjsko vijeće 2013. u presudi u predmetu "Prlić i drugi" utvrdilo je da su tri preminula najviša hrvatska dužnosnika - Tuđman, Šušak i Bobetko - bili članovi udruženog zločinačkog pothvata te su smislili i proveli zajednički zločinački cilj promjene etničkog sastava teritorija koji je trebao ući u sastav Hrvatske Republike Herceg-Bosne tako što su naređivali i koordinirali događaje na terenu kako bi počinili zločine koji su bili rezultat plana trajnog uklanjanja muslimanskog stanovništva s područja Herceg-Bosne.
Hrvatska je napisala da se želi uključiti jer raspravno vijeće u presudi napisanoj na više od dvije tisuće stranica nije ponudilo nijedan dokaz koji bi podupro zaključak da su Tuđman, Šušak i Bobetko te zločine počinili ili namjeravali da se oni počine te zbog toga što je zaključkom da su bili članovi udruženog zločinačkog pothvata vijeće prekršilo europsku konvenciju o ljudskim pravima dovodeći u pitanje presumpciju nevinosti preminulih hrvatskih dužnosnika.
Vijeće je u presudi navelo tri dokaza na temelju kojih je donijelo zaključak o postojanju udruženog zločinačkog pothvata. Prvi je transkript razgovora u Uredu Predsjednika RH od 27. prosinca 1991. na temelju kojeg je vijeće utvrdilo da su predsjednik Tuđman i čelništvo bosanskohercegovačkih Hrvata zaključili da je za obnovu Banovine potrebno etnički očistiti dijelove Herceg-Bosne. Drugi dokaz plana etničkog čišćenja jest knjiga bosanskohercegovačkog Hrvata Ante Valente u kojem je on iznosio svoje vlastite stavove. Treći je dokaz transkript iz Ureda Predsjednika RH od 11. rujna 1992. sa sastanka posvećenog nacionalnoj sigurnosti na kojem su uz Tuđmana bili i Praljak i Šušak, a na kojem se razgovaralo o mogućim obračunima sa srpskim snagama u BiH, navela je Hrvatska.
Zbog dostave tih transkripata Haškome sudu u hrvatskoj javnosti mnogo je puta bio kritiziran drugi hrvatski predsjednik Stjepan Mesić, u čijemu su mandatu ti dokumenti proslijeđeni haškom tužiteljstvu, a hrvatska vlast kritizirana je zbog toga što se nije aktivno angažirala u postupku.
Odbijajući hrvatski zahtjev, žalbeno je vijeće napisalo da prvostupanjskom presudom nisu doneseni eksplicitni zaključci u pogledu sudjelovanja Tuđmana, Šuška i Bobetka u udruženom zločinačkom pothvatu niti su proglašeni krivima za neki zločin, da presumpcija njihove nevinosti nije povrijeđena i da zaključci presude o tri hrvatska dužnosnika ni na koji način ne predstavljaju utvrđivanje odgovornosti Hrvatske kao države. Hrvatska je nakon toga novim podneskom pozvala žalbene suce da to uvrste i u svoju pravomoćnu presudu.
Obrane šestorke u žalbama tvrde da je prvostupanjska presuda pogrešno utvrdila postojanje zločinačkog pothvata
U žalbama su obrane bosanskohercegovačke šestorke poručile da je prvostupanjskom presudom sudsko vijeće počinilo niz pogrešaka o ulozi Hrvatske u Bosni i Hercegovini.
Obrane su ustvrdile da je pogrešno utvrđeno postojanje međunarodnog sukoba u BiH jer je vijeće apsurdno zaključilo da je HVO koji su činile snage bosanskih Hrvata, okupirao dijelove BiH.
Hrvatska je 'osuđena' zbog toga što je pružala neodređenu pomoć HVO-a koju je pružala i Armiji BiH, poručile su obrane. Hrvatska uloga bila je posrednička zbog zahtjeva međunarodne zajednice da se angažira na smirivanju sukoba a to je vijeće uzelo kao dokaz njezina sudjelovanja u međunarodnom oružanom sukobu, kazala je Praljkova obrana.
Stojićeva obrana poručila je žalbenome vijeću da se radi o doktrini koju su počeli odbacivati međunarodni sudovi, a u konkretnom slučaju istaknuli su da nema izravnih dokaza za dogovor sudionika udruženog zločinačkog pothvata. Vijeće se oslonilo na nekoliko transkripata iz ureda prvog hrvatskog predsjednika zanemarujući sve druge koji pokazuju opredijeljenost hrvatskog državnog vrha za političku i vojnu suradnju Hrvata i muslimana u BiH, isticale su u žalbenoj raspravi obrane.
Obrana: "Nema zločinačkog pothvata"
Bivši predsjednik vlade Herceg Bosne Jadranko Prlić na žalbenoj je raspravi poručio kako je raspravno vijeće temeljito pogriješilo zaključujući u presudi da je udruženi zločinački pothvat formiran s ciljem stvaranja etnički čistog hrvatskog entiteta potpuno zanemarujući brojne dokaze o tome da su HVO i HZHB formirani, s ciljem obrane i organiziranja svakodnevnog života, u trenutku kad je kolabirala centrala vlast u zemlji.
Osim što su zanijekale postojanje udruženog zločinačkog pothvata obrane bosanskohercegovačke šestorke u žalbama su poručile da nema stvarnih dokaza ni njihova doprinosa tome pothvatu.
Tužitelji su u žalbenom dijelu postupka poručili da su dokazi pokazali umiješanost Hrvatske vojske u borbe od Prozora i Jablanice do Stoca i Mostara. Hrvatska je to nastojala sakriti, pa se tako Tuđman 1993. naljutio na Bobetka zbog zapovijedi kojom je otkriveno hrvatsko miješanje u rat u BiH i da se ne radi o odlasku dobrovoljaca, kazali su tužitelji poručivši da dokazi, među kojima i transkripti iz ureda hrvatskog predsjednika, pokazuju da se Tuđman miješao u vojne operacije HVO-a protiv Armije BiH kako bi se, prema njegovim riječima, osigurao hrvatski teritorij na području BiH.
Tužitelji su poručili i da su dnevnici zapovjednika snaga bosanskih Srba Ratka Mladića u kojima su zabilježeni njegovi susreti s Praljkom, Prlićem, Stojićem, Petkovićem pokazali da je hrvatski cilj bio granica Banovine iz 1939. do koje će se doći ako treba ratom i da je Tuđman vidio muslimane u državici, tampon-zoni između Hrvatske i Srbije. (Hina)