Puhovski je prvu izjavu haaškom tužiteljstvu dao 13. i 14. lipnja 2007., a dodatne informacije 18. prosinca 2008. te 9. i 11. veljače 2009. U njima je ocijenio da hrvatske vlasti nisu poduzimale istrage o zločinima počinjenim u 'Oluji'.
Također, Puhovski je potkraj siječnja na jednom zagrebačkom radiju izjavio da je u tijeku 'Oluje' i nakon nje počinjeno etničko čišćenje, jer je svoja boravišta napustilo između 120 i 150 tisuća ljudi. Po njegovim riječima, radilo se o 'sporazumnom etničkom čišćenju Zagreba i Beograda'.
Na početku davanja iskaza Puhovski je kazao da je HHO bio u početku napadan jer se smatralo da se 'previše bavi pravima Srba, a premalo pravima Hrvata', ali da se stanje smirilo oko 1997./98.