Komšić je prvi visoki dužnosnik u BiH koji je u toj zemlji probio zid šutnje nastao nakon što su mediji objavili da je Ministarstvu pravosuđa i uprave Hrvatske posredstvom Ministarstva pravde BiH dostavljena zamolnica Tužiteljstva BiH za pravnu pomoć odnosno procesuiranje skupine generala i drugih visokih časnika Hrvatske vojske, navodno upravo zbog ratnih zločina počinjenih tijekom operacije "Bljesak".
"Prema mom mišljenju, ako se radi o operacijama 'Bljesak' i 'Oluja' ne postoji nijedan pravni osnov da Tužiteljstvo BiH pokrene takve postupke. Jer i ako postoji takvo kazneno djelo, ono nije počinjeno ni na teritoriju BiH niti nad državljanima BiH. Za takvo nešto može biti samo i isključivo nadležno Državno odvjetništvo Republike Hrvatske", kazao je Komšić u izjavi koja je medijima dostavljena iz Predsjedništva BiH.
Dopustio je kako bi kaznenog progona teorijski moglo biti u slučaju operacija "Maestral" i "Južni potez" koje su izvedene na teritoriju BiH.
Operaciju "Maestral" zajednički su u rujnu 1995. godine izvele postrojbe HV, HVO i Armije BiH oslobađajući zapadne dijelove BiH od okupacije srpskih snaga a "Južni potez" u listopadu te godine izveli su pripadnici HV i HVO s ciljem strateškog okruženja Banje Luke. Stigli su na samo dvadesetak kilometara od tog grada no njegovo oslobođenje zaustavila je intervencija SAD koje nisu željele vidjeti masovni odlazak srspkog stanovništva s tog područja strahujući da bi do dovelo do nove destabilizacije u regiji.
Policija Republke Srpske je još 2006. godine kazneno prijavila veću skupinu visokih hrvatskih časnika zbog operacije "Maestral" odnosno zbog zločina počinjenih nakon oslobađanja Mrkonjić Grada gdje su naknadno pronađene dvije masovne grobnice u koje su pokopani ubijeni Srbi.
Tužiteljstvo BiH nije se oglasilo o zahtjevu Hrvatskoj za procesuiranje hrvatskih generala a ministar pravde BiH Josip Grubeša kazao je samo kako je njegovo ministarstvo bilo posrednikom u prosljeđivanju zamolnice Hrvatskoj te kako ništa ne zna o sadržaju tog dokumenta.
Sarajevski portal Istraga.ba blizak Obavještajno-sigurnosnoj agenciji (OSA) objavio je presliku navodnog dokumenta kojega je Hrvatskoj uputilo Tužiteljstvo BiH. U njemu stoji kako Tužiteljstvo BiH zapravo ustupa Hrvatskoj predmet po kaznenoj prijavi što su je 2006. godine podnijela policija postaja iz Kozarske (Bosanske) Dubice te prepušta sve dalje korake radi mogućeg procesuiranja nakon prikupljanja odgovarajuće dokumentacije.
Na prvom je mjestu među prijavljenima Pavao Miljevac kako je napisano iako je vjerojatno riječ o generalu Miljavcu a slijede Marijan Mareković, Mladen Markač, Luka Džanko, Imra Agotić, Renato Romić, Ivan Basarac i Petar Stipetić.