Haško tužiteljstvo je na kraju dokaznog postupka sredinom ožujka ove godine zatražilo od prvostupanjskog vijeća Međunarodnog kaznenog suda da proglasi krivima pukovnika Milu Mrkšića, majora Veselina Šljivančanina i kapetana Miroslava Radića i da im odredi doživotne zatvorske kazne.
Tužitelj je tada kazao kako je doživotna zatvorska kazna primjerena za Šljivančanina i Mrkšića ako sudsko vijeće utvrdi da su izdali zapovijed za zločin te pomagali u njegovu izvršenju, ali i zbog toga što kao zapovjednici nisu spriječili zločin.
U detaljno razrađenom prijedlogu za visinu kazne, tužiteljstvo je istaknulo da Mrkšić i Šljivančanin zaslužuju, samo za propust kažnjavanja počinitelja zločina, za koji su također optuženi, 10 do 15 godina zatvora.
U slučaju kapetana Radića, tužitelj je predložio sudskom vijeću kaznu doživotnog zatvora ukoliko suci utvrde da je pomagao u izvršenju zločina.
Zbog toga što je propustio spriječiti pripadnike tzv. teritorijalne obrane Vukovara da počine zločin, tužitelj je za Radića zatražio 10 do 15 godina zatvora, a zbog toga što ih nije kaznio zbog počinjenog zločina - osam do deset godina zatvora. Ako sud zaključi da su Radiću bila podređena samo tri pripadnika JNA koja su sudjelovala u zločinu, a ne i pripadnici tzv. TO Vukovara, tužitelj je predložio kaznu od četiri do šest godina zatvora zbog toga što ih nije spriječio da počine zločin a nakon toga ih nije kaznio.
Optužnica tereti "Vukovarsku trojku" da su nakon pada Vukovara u studenome 1991. godine naredili i organizirali izvođenje oko 300 osoba iz vukovarske bolnice koji su odvedeni u vojarnu JNA, a potom na poljoprivredno dobro Ovčara, gdje su ih pripadnici lokalnih srpskih snaga (TO Vukovara) i postrojbi srpskih radikala (tzv. Šešeljevaca) pogubili. U masakru su pobijene 264 osobe.
Odvjetnici "Vukovarske trojke" u svojim su završnim riječima na kraju suđenja zatražili njihovo oslobađanje poručivši, svaki za svog klijenta, da tužiteljstvo nije dokazalo njihovu odgovornost. U završnim riječima, obrane Mile Mrkšića i Veselina Šljivančanina međusobno su se optuživale i prebacivale odgovornost za zarobljenike i njihovu sudbinu.
Tužitelji su u svojim završnim riječima poručili da je pukovnik Mile Mrkšić imao stvarnu moć koju je mogao upotrijebiti kako bi kontrolirao podređene snage u svojoj zoni odgovornosti. Što se tiče majora Veselina Šljivančanina tužitelji su kazali kako su uvjereni da su dokazali da je vodio evakuaciju i razdvajanje ljudi iz vukovarske bolnice i da je imao puni nadzor nad svime što se događalo u Vukovaru, a da je kapetan Miroslav Radić efektivno zapovjedao, osim pripadnicima JNA, i pripadnicima tzv. TO Vukovara i Šešeljevih postrojbi koji su počinili zločin.
Mrkšića, Šljivančanina i Radića optužnica u osam točaka tereti za zločine protiv čovječnosti i kršenje ratnog prava i običaja zbog progona, istrebljenja, ubojstava, mučenja te okrutnog i nehumanog postupanja. Prva optužnica protiv njih podignuta je još 7. studenoga 1995., a sudilo im se prema trećoj objedinjenoj i izmijenjenoj optužnici od 15. studenoga 2004. Sve trojica su se izjasnila da nisu krivi za zločine.
Suđenje Mrkšiću, Radiću i Šljivančaninu počelo je 11. listopada 2005., a završeno 16. ožujka 2007. Tijekom suđenja podneseno je više od 800 dokaznih predmeta i saslušano ukupno 88 svjedoka, među njima i oni koji su preživjeli masakr na Ovčari, zatim ravnateljica vukovarske bolnice Vesna Bosanac, bivši šef kirurgije u toj bolnici Juraj Njavro, bivša glasnogovornica haškog tužiteljstva Florence Hartmann. Na suđenju su svjedočila i dvojica optuženih - major Šljivančanin i kapetan Radić.