Prvi put uvršteni su i zajednički projekti dviju država koje potpomaže Europska komisija. U nacrtu proračuna koji se našao na raspravi u Hrvatskome saboru predviđeno je više desetaka milijuna kuna u odnosu na ovogodišnja izdvajanja Hrvatske u sklopu potpore Hrvatima u BiH, koji se realiziraju u nekoliko oblasti.
Najveća razlika u odnosu na ovogodišnja izdvajanja predviđena je u resoru kojemu je na čelu ministar Čobanković.
Ukupno je predviđeno izdvajanje 94 milijuna kuna financijske potpore u 2009. godini za uglavnom povratničke i projekte u manjinskim hrvatskim sredinama u Bosni i Hercegovini, što je 20 milijuna više nego u ovoj godini, kada je u proračunu predviđeno i realizirano oko 75 milijuna kuna.
Najviše je novca predviđeno za povratak prognanih Hrvata, oko 47 milijuna kuna u odnosu na ovu godinu, kada je za tu svrhu utrošeno 27 milijuna. Istodobno, na ovogodišnjoj će razini od 47 milijuna ostati iznos predviđen za povećanje skrbi za hrvatske povratnike.
U ovoj je godini tim novcem obnovljeno na stotine obiteljskih kuća, ponajviše u Bosanskoj Posavini u dijelu Republike Srpske te u središnjoj Bosni.
Jedino je u oblasti potpore koja ide preko Ministarstva zdravstva smanjen iznos za tri milijuna kuna od ovogodišnjih 17 milijuna, budući da je ove godine dovršena gradnja Kliničke bolnice na Bijelom brijegu u Mostaru.
Planirano je izdvajanje za izgradnju i opremanje bolnica i domova zdravlja u Livnu, Orašju, središnjoj Bosni. S druge pak strane, za pet milijuna kuna s ovogodišnjih 15 milijuna bit će povećan iznos za pokrivanje troškova liječenja Hrvata iz BiH u zdravstvenim ustanovama u Republici Hrvatskoj.
Iako do sada nisu bili izravno financirani, kako stoji u nacrtu hrvatskog proračuna za 2009., za HKD Napredak izravno će iz proračuna biti izdvojeno milijun kuna. Uz to, Hrvatska je planirala investirati sedam milijuna kuna sredstava dobivenih preko posebnih fondova Europske komisije u sklopu regionalnih projekata s BiH.