Istragu protiv Sime Dubajića zatražilo je Županijsko državno odvjetništvo u Zagrebu koje ga tereti da je od 26. svibnja do 5. lipnja 1945. na području Kočevja (Slovenija), kao zapovjednik mehaniziranog odreda 4. armije Jugoslavenske armije, iz njemu podređenih jedinica sastavio posebnu grupu vojnika te organizirao i zapovijedao prijevozom ratnih zarobljenika iz Kočevja do mjesta pogubljenja na Kočevskome rogu, gdje je, po njegovoj zapovijedi, ubijeno najmanje 13.000 ratnih zarobljenika. Trupla pobijenih pobacana su u prirodne jame.
U istražnome zahtjevu tužiteljstvo je predložilo pritvaranje Dubajića zbog opasnosti od bijega i posebno teških okolnosti u kojima je počinjeno kazneno djelo za koje je osumnjičen, a kako je nedostupan hrvatskome pravosuđu, predloženo je da se preko MUP-a za njim raspiše međunarodna tjeralica.
Nekoliko kaznenih prijava
Po posljednjim podacima, Dubajić živi u Beogradu i teško je očekivati da će ga Srbija, čiji je državljanin, izručiti. No, po Sporazumu o suradnji i progonu počinitelja kaznenih djela ratnih zločina, zločina protiv čovječnosti i genocida, koje su hrvatsko i srbijansko tužiteljstvo potpisali 2007., moguće je da kazneni progon protiv Dubajića preuzme srbijansko pravosuđe, kao što je to nedavno učinilo crnogorsko pravosuđe procesuirajući odgovorne za mučenje civila i ratnih zarobljenika s dubrovačkog područja u logoru Morinju.
Ime Sime Dubajića dosad se našlo u nekoliko kaznenih prijava koje su proteklih godina podnesene zagrebačkom tužiteljstvu. U jednoj od njih teretilo ga se za zločine u Bleiburgu, a sredinom svibnja 2007. na tribini Hrvatskoga kulturnog vijeća javno je zatraženo da se protiv njega podigne optužnica zbog zločina u Kočevskome rogu, a od srpskih vlasti njegovo izručenje.
Navodno priznao likvidacije
Pritom je predočen preslik bilješke sa sastanka britanskih i jugoslavenskih vojnih dužnosnika na kojem je dogovoreno da Dubajić preuzme 13.000 hrvatskih zarobljenika. Zbog zločina na Kočevskome rogu, kazneni progon i uhićenje Dubajića u rujnu 2006. zatražio je od premijera Ive Sandera i MUP-a i voditelj Hrvatskoga centra za istraživanje zločina komunizma Goran Jurišić. Pritom se pozvao na intervju koji je s Dubajićem 1990. objavio beogradski tjednik 'Svet', a u kojemu je navodno priznao da je sudjelovao u likvidacijama 30.000 ratnih zarobljenika.
Inače, protiv Dubajića je u Hrvatskoj još 1993. podignuta optužnica, no ona se odnosila na terorizam. Naime, tadašnje karlovačko vojno državno odvjetništvo ga je optužilo da je u studenome 1990. okupio grupu koja je postavila barikade na cesti Obrovac-Gračac i organizirala oružane straže koje su pucale po civilima.