Na 15-godišnju zatvorsku kaznu nepravomoćno su osuđeni Petar Lenđer i Jovo Cico, po šest godina dobili su Jugoslav Mišljenović, Milan Stanković, Dušan Stanković, Mirko Ždinjak, Dragan Ćirić i Đuro Krošnjar, Zdenko Magoč i Janko Ljikar dobili su po četiri godine i šest mjeseci zatvora, a Zdravko Simić i Joakim Bučko po četiri godine. Optužbi su oslobođeni Zlatan Nikolić i Darko Hudak.
Sudski postupak za ratni zločin u Mikluševcima počeo je još 1996. godine na Županijskome sudu u Osijeku protiv 35 optuženika. Nakon procesa mirne reintegracije, predmet je preuzelo Državno odvjetništvo iz Vukovara te je postupak u travnju 2005. godine počeo ispočetka na Županijskome sudu u Vukovaru.
Tijekom sudskog postupka, u kojem je optužba mijenjana osam puta, ispitano je 86 svjedoka U međuvremenu, postupak je protiv nekih optuženika prekinut zbog njihove smrti ili zbog odustanka Županijskoga državnog odvjetništva te se u konačnici vodio protiv 14 optuženika. Optuženicima se sudilo za ratni zločin genocida. No, kako je obrazložio sudac Nikola Bešenski, sudsko vijeće nije pronašlo elemente da je u Mikluševcima počinjen genocid te je izreklo kazne za ratni zločin protiv civila.
Na suđenju su bili nazočni optuženici Zdenko Magoč, Joakim Bučko i Darko Hudak, koji su se branili sa slobode, a preostalim optuženicima sudilo se u odsutnosti. Sve ih se optuživalo da su od listopada 1991. godine do 18. svibnja 1992. godine, nakon što su pripadnici nekadašnje JNA i paravojnih srpskih postrojba okupirali Mikluševce, ustrojili okupacijsku lokalnu vlast kako bi Mikluševce učinili etnički čistim mjestom.
S tom su namjerom zastrašivali nesrpsko stanovništvo, bacali bombe u njihove kuće, zlostavljali ih i ubijali te 18. svibnja 1992. godine iz Mikluševaca protjerali 92 osobe nesrpske nacionalnosti. Tijekom sudskog postupka, u kojem je optužba mijenjana osam puta, ispitano je 86 svjedoka.